Gelar sarjana hukumnya ia dapatkan dari [[Universitas Hasanuddin]], [[MakassarUjungpandang]], di mana ia mengambil jurusan Hukum Internasional.{{sfn|TokohIndonesia.com, 11 September 2013}} Saat menjalani kuliah di Universitas HassanuddinHasanuddin, ayahnya meminta Hamdan untuk mengambil pendidikan tinggi di bindang agama untuk melanjutkan tradisi keluarganya yang berlatar belakang [[pesantren]].{{sfn|Profil Hakim Mahkamah Konsistusi}} Oleh karena itu, Hamdan memutuskan mendaftar ke Fakultas Syari'ah [[Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar|IAIN AlaudinAlauddin]], MakassarUjungpandang (1981--1984){{sfn|Profil Hakim Mahkamah Konsistusi}}. Semasa mahasiswa, Hamdan aktif di berbagai organisasi kemahasiswaan, salah satunya adalah Himpunan Mahasiswa Islam (HMI).{{sfn|Profil Hakim Mahkamah Konsistusi}} Di organisasi tersebut, ia menjabat sebagai Ketua Badan Koordinasi HMI Indonesia Timur.{{sfn|Profil Hakim Mahkamah Konsistusi}} Karena kegiatannya mengurus organisasi, ia memilih untuk melepas pendidikannya di IAIN Alaudin meski sudah berkuliah selama tiga tahun dan hampir mendapatkan gelar sarjana muda.{{sfn|Profil Hakim Mahkamah Konsistusi}}
Hamdan juga sempat mengenyam pendidikan di Fakultas Hukum [[Universitas Pelita Harapan]], Jakarta (1998--2001), yang juga tidak diselesaikan.{{sfn|TokohIndonesia.com, 11 September 2013}} Pada tahun 2004, ia berhasil mendapatkan gelar magister hukum dari [[Universitas Padjajaran]], [[Bandung]], dan meraih gelar doktor S3 di bidang Ilmu Hukum Tata Negara dari universitas yang sama pada tahun 2010, dengan disertasi berjudul ''Pemakzulan Presiden di Indonesia.''{{sfn|TokohIndonesia.com, 11 September 2013}}
