Tahun 1999, presiden [[GusdurAbdurrahman Wahid]] memenuhi keinginan masyarakat Papua, untuk mengubah nama Irian Jaya menjadi Papua. Nama Papua disebutkan dalam Manifest yang dicetuskan Komite Nasional Papua yang menyatakan, "Nama tanah kami menjadi PapoeaPapua Barat dan nama bangsa kami menjadi PapoeaPapua." Manifest tersebut ditulis dalam sebuah harian "Pengantara" pada 21 Oktober 1961.<ref>{{cite web|url=https://nasional.kompas.com/read/2009/12/31/10090952/Gus.Dur.yang.Kembalikan.Nama.Papua.untuk.Irian.Jaya.|title=Gus Dur yang Kembalikan Nama Papua untuk Irian Jaya|website=nasional.kompas.com|date=31 Desember 2009|accessdate=30 Desember 2021}}</ref> Sehingga, kini Kota Jayapura menjadi sebuah kota dan [[ibu kota]] dari provinsi Papua.
