Pada 20 September 2017, PT KAI Commuter Jabodetabek berganti nama menjadi PT Kereta Commuter Indonesia (KCI).<ref>[http://www.thejakartapost.com/news/2017/09/20/state-run-commuter-line-operator-pt-kcj-transforms-into-pt-kci.html ''State Run Commuter Line Operator PT KCJ Transform Into PT KCI''] The Jakarta Post, 20 September 2017</ref> Penggantian kata "Jabodetabek" menjadi "Indonesia" pada nama perusahaan dilakukan seiring dengan perluasan wilayah kerja yang akan dilakukannya.<ref>[https://metro.sindonews.com/read/1241357/170/tugas-lebih-luas-pt-kcj-berubah-nama-menjadi-pt-kci-1505885385 Tugas Lebih Luas, PT KCJ Berubah Nama Menjadi PT KCI]</ref>
Pada 2020, KCI mulai mengambil alih pengelolaan layanan kereta api lokal dan komuter dari KAI secara bertahap. Pengambil alihan ini diawali pada 120 Oktober 2020 untuk operasional [[kereta api Prambanan Ekspres]] dan [[Kereta api Lokal Merak|Lokal Merak]]. Pengambil alihan tersebut telah tercantum dalam surat izin operasi dari [[Kementerian Perhubungan]] pada 3 Juni 2020.<ref>{{Cite web|date=2020-07-10|title=KCI Dapatkan Izin Operasi KA Lokal Merak dan Prameks|url=https://www.beritasatu.com/yudo-dahono/nasional/654115/kci-dapatkan-izin-operasi-ka-lokal-merak-dan-prameks|website=Berita Satu|language=id-ID|access-date=}}</ref><ref>{{Cite web|date=2020-09-30|title=Oktober, KCI Jalankan KA Prameks Solo-Yogyakarta|url=https://ekonomi.bisnis.com/read/20200930/98/1298839/oktober-kci-jalankan-ka-prameks-solo-yogyakarta|website=Bisnis.com|language=id-ID|access-date=}}</ref> Pada 1 April 2022, KCI mengambil alih operasional kereta api lokal dan komuter yang sebelumnya dikelola oleh [[Daerah Operasi 2 Bandung]] dan [[Daerah Operasi 8 Surabaya]].<ref>{{Cite news|last=Abraham|first=Willy|date=2022-04-01|title=Mulai 1 April 2022, Operator Kereta Api Lokal di Stasiun Indro Kabupaten Gresik Berganti|url=https://surabaya.tribunnews.com/2022/04/01/mulai-1-april-2022-operator-kereta-api-lokal-di-stasiun-indro-kabupaten-gresik-berganti|newspaper=Harian Surya|publisher=[[KG Media]]|location=Surabaya}}</ref> Seiring dengan perubahan sistem persinyalan di [[Stasiun Manggarai]], [[Lin Lingkar (KRL Commuter Line)|Lin Lingkar]] akan dinonaktifkan dan perubahan rute pada [[Lin Cikarang (KRL Commuter Line)|Lin Cikarang]] dan [[Lin Sentral (KRL Commuter Line)|Lin Sentral]] dan akan dilaksanakan pada 28 Mei 2022 dengan rute [[petak balon]] melalui [[Stasiun Cikarang|Cikarang]]-[[Stasiun Tanah Abang|Tanah Abang]]-Cikarang dan Cikarang-[[Stasiun Kampung Bandan|Kampung Bandan]]-Cikarang dan percabangan ke [[Stasiun Nambo]], namun Lin lainnya, seperti Sentral antara [[Stasiun Bogor|Bogor]] dan [[Stasiun Jakarta Kota|Jakarta Kota]] di jalur utama, [[Lin Tangerang (KRL Commuter Line)|Tangerang]], [[Lin Tanjung Priok (KRL Commuter Line)|Tanjung Priok]] dan [[Lin Rangkasbitung (KRL Commuter Line)|Rangkasbitung]] tidak mengalami perubahan.<ref>{{Cite news|title=Mulai 28 Mei KRL Bogor hanya ke Jakarta Kota, Rute Bekasi ke Tanah Abang|url=https://kumparan.com/kumparanbisnis/mulai-28-mei-krl-bogor-hanya-ke-jakarta-kota-rute-bekasi-ke-tanah-abang-1y7DhZ12nl5|author=Ema Fitriyani|work=Kumparan|language=id-ID|access-date=2022-05-21}}</ref>
