Maaher meninggal dunia di ruang tahanan Mabes Polri pada 8 Februari 20212019, karena menderita radang usus akut dan menurunnya kondisi kesehatan selama masa penahanan, setelah sebelumnya Maaher sempat menjalani perawatan di [[Rumah Sakit Bhayangkara Tingkat I Raden Said Sukanto|Rumah Sakit Polri]], Kramat Jati, Jakarta Timur.<ref>{{cite web|url=https://nasional.kompas.com/read/2021/02/10/07255981/meninggalnya-maaher-at-thuwailibi-dan-permintaan-keluarga-agar-tak-sebar?page=all|title=Meninggalnya Maaher At-Thuwailibi dan Permintaan Keluarga agar Tak Sebar Hoaks|date=10 Februari 2021|author=Tsarina Maharani|editor=Diamanty Meiliana|website=[[Kompas.com]]|access-date=26 Mei 2022}}</ref> Sempat ada dugaan pelanggaran [[Hak asasi manusia|HAM]] terkait wafatnya Maaher dalam penahanan, sebagaimana permintaan klarifikasi [[Komisi Nasional Hak Asasi Manusia|Komnas HAM]] kepada pihak Kepolisian pada 10 Februari 2021,<ref>{{cite web|url=https://nasional.tempo.co/read/1431535/komnas-ham-kirim-surat-minta-penjelasan-polri-soal-kematian-maaher-at-thuwailibi/full&view=ok|title=Komnas HAM Kirim Surat Minta Penjelasan Polri Soal Kematian Maaher At-Thuwailibi|date=10 Februari 2021|author=Andita Rahma|editor=Eko Ari Wibowo|website=[[Tempo.co]]|access-date=25 Mei 2022}}</ref> tetapi pihak kepolisian membantah adanya dugaan pelanggaran HAM dan menyatakan bahwa Maaher meninggal dunia disebabkan karena sakit dan terkonfirmasi oleh Dokter.<ref>{{cite web|url=https://nasional.tempo.co/read/1431501/bantah-ada-siksa-maaher-at-thuwailibi-polri-ingatkan-pidana-jika-sebarkan-hoaks/full&view=ok|title=Bantah Ada Siksa Maaher At-Thuwailibi, Polri Ingatkan Pidana Jika Sebarkan Hoaks|date=10 Februari 2021|author=Andita Rahma|editor=Eko Ari Wibowo|website=[[Tempo.co]]|access-date=25 Mei 2022}}</ref> Sebelumnya, kuasa hukum Maaher, [[Novel Bamukmin]] menyatakan bahwa Maaher menderita [[Tuberkulosis|TB Usus]] akut sebelum meninggal dunia dan sempat menjalani perawatan atas infeksinya tersebut.<ref>{{cite web|url=https://lifestyle.kompas.com/read/2021/02/09/131624020/mendiang-maaher-at-thuwailibi-derita-infeksi-tb-usus-apa-itu|title=Mendiang Maaher At-Thuwailibi Derita Infeksi TB Usus, Apa itu?|date=9 Februari 2021|author=Gading Perkasa|editor=Lusia Kus Anna|website=[[Kompas.com]]|access-date=26 Mei 2022}}</ref> Sesuai dengan permintaan keluarga, Maaher dikebumikan di pemakaman Pondok Pesantren Tahfidz Daarul Qur'an milik [[Yusuf Mansur]] di [[Cipondoh, Tangerang]], di samping makam [[Ali Jaber|Syekh Ali Jaber]].<ref>{{cite web|url=https://hot.detik.com/celeb/d-5367366/ustaz-maaher-dimakamkan-di-samping-syekh-ali-jaber-ini-alasannya|title=Ustaz Maaher Dimakamkan di Samping Syekh Ali Jaber, Ini Alasannya|date=9 Februari 2021|author=Hanif Hawari|website=[[Detik.com]]|access-date=25 Mei 2022}}</ref><ref>{{cite web|url=https://www.republika.co.id/berita/qo9h6r430/uym-jelaskan-alasan-ustadz-maaher-dimakamkan-di-pesantrennya|title=UYM Jelaskan Alasan Ustadz Maaher Dimakamkan di Pesantrennya|date=9 Februari 2021|author=Muhammad Hafil|website=[[Republika (surat kabar)|Republika]]|access-date=25 Mei 2022}}</ref>
