GKPB berdiri sebagai hasil penginjilan [[Christian and Missionary Alliance]] (CMA) yang pada tahun [[1930]] mengutus Tsang Kam Foek (Tsang To Hang) ke Bali. Kemudian, pada tanggal [[11 November]] [[1931]] ketua CMA, R.[[Robert A. AffrayJaffray]], membaptiskan 12 orang Bali asli di Yeh Poh, sungai kecil dekat dusun Untal-untal di [[Dalung, Kuta Utara, Badung|desa Dalung]]. Hari pembaptisan yang pertama inilah yang ditetapkan sebagai hari lahirnya GKPB. Pada tanggal [[14 Januari|14-]][[16 Januari]] [[1948]] diadakan Sidang I di Blimbingsari diputuskan bahwa nama gereja adalah '''Persatuan Kristen Protestan Bali''' (PKPB) dan Ds. Made Rungu terpilih sebagai Ketua Badan Pekerja. Nama gereja itu kembali diubah menjadi '''Gereja Kristen Protestan di Bali''' (GKPB) pada Sidang IV Gereja Bali pada 20 sampai [[21 April]] [[1949]]. [[GKPB]] berbentuk presbiterial sinodal serta berasaskan pada '''''sola gratia, sola fide dan sola scriptura'''''.<ref name=pgi/>
