Setelah itu, menjadi Residen Kaltim, sebagai tangga pertama mulai memimpin pemerintahan sipil di Kaltim. Ketika daerah Provinsi Kaltim pertama dibentuk 1 Januari 1957, APT Pranoto memangku jabatan Gubernur Kaltim.
APT. PRANOTO wafat karena sakit
=== Kasus hukum ===
fitnah PKI yang membuat beliau dipenjarakan
Pada 1961, APT Pranoto ditahan Kejaksaan Tinggi Kaltim berdasarkan tuntutan DPRD [[Kalimantan Timur]] yang mendakwanya melakukan penggelapan uang kas negara. APT Pranoto didakwa menyalahgunakan dana APBD Provinsi dan korupsi semasa menjabat Gubernur Kaltim.<ref name="Kecik">{{cite book|last=Kecik|first=Hario.|date=2009|title=Pemikiran Militer 2 Sepanjang Masa Bangsa Indonesia|publisher=Jakarta: Yayasan Obor Indonesia|pages=177}}</ref> Kemudian, Pranoto dikirim ke Rumah Tahanan Militer (RTM) di Jakarta dan akhirnya wafat dalam kondisi masih dipenjara.<ref name="Magenda">{{cite book|last=Magenda|first=Burhan Djabier.|date=1991|title=East Kalimantan: The Decline of a Commercial Aristocracy|publisher=New York: Cornell Modern Indonesia Projec|pages=62}}</ref>
