[[Final Piala Indonesia 20092008-09]] diwarnai dengan tindakan [[Persipura Jayapura]] yang menyatakan ''[[walkover]]'' pada menit ke-60 saat kedudukan 1–0 untuk keunggulan Sriwijaya FC. Hal ini menyebabkan Sriwijaya FC dinyatakan menang 4–0. Setelah kasus ini, muncul isu bahwa Persipura akan mengalami penurunan kasta atau mengundurkan diri dari Liga Indonesia dan bergabung dengan [[A-League]] ''(Liga Australia)'', namun kemudian pada [[Liga Super Indonesia 2010–2011|edisi selanjutnya]] mereka tetap bermain dalam kompetisi lokal Indonesia.
Setelah vakum lebih dari 5 tahun, final [[Piala Indonesia 2018–20192018–19|Piala Indonesia 2018-19]] dilaksanakan dengan sistem kandang-tandang, di mana sebelumnya menggunakan sistem satu pertandingan. Pertandingan kedua sempat ditunda setelah terjadi penyerangan pada bus pemain [[Persija Jakarta]] saat akan melakukan sesi latihan.<ref>{{cite web|url=https://www.suara.com/bola/2019/07/28/050500/bus-persija-diserang-di-makassar-ferry-paulus-mental-pemain-terganggu|title=Bus Persija Diserang di Makassar, Ferry Paulus: Mental Pemain Terganggu}}</ref>
