Persipasi didirikan pada tahun 1998 oleh [[Pemerintah Kota Bekasi|Pemkot Bekasi]] dan sempat dijual lisensinya kepada [[Madura United FC]] pada tahun 2016.<ref>[https://m.antaranews.com/berita/551998/pendukung-kecewa-persipasi-bekasi-dijual Pendukung kecewa Persipasi Bekasi dijual]</ref> Pada tahun 2021 Persipasi melakukan merger dengan tim [[Patriot Chandrabhaga FC]] dan kembali berkompetisi di [[Liga 3|Liga 3 Zona Jawa Barat]] dengan nama PCB Persipasi Bekasi. PCB Persipasi merupakan anggota resmi Asprov PSSI Jawa Barat dan bermain di Liga 3 Jawa Barat.<ref>[https://wartakota.tribunnews.com/amp/2021/08/09/tiga-kelompok-suporter-bekasi-tuntut-persipasi-ikut-liga-3-jawa-barat-sebagai-harga-mati Tiga Kelompok Suporter Bekasi Tuntut Persipasi Ikut Liga 3 Jawa Barat Sebagai Harga Mati]</ref>
Kemudian pada tanggal 30 Mei 2022 Kembalinama bergantiklub namakembali berganti menjadi [[Persipasi Kota Bekasi.<ref> [https://infobekasi.co.id/2022/05/31/pcb-persipasi-kota-bekasi-ganti-nama/%3famp]]</ref>
