Axelsen lahir di [[Odense]], [[Denmark]], dan di usia 9 tahun, ayahnya mengenalkan ia dengan bulu tankistangkis, bermain di klub bulu tangkis Odense.<ref name="bwf">{{cite web|title=Players: Viktor Axelsen|url=http://bwfbadminton.com/player/25831/viktor-axelsen|language=en|publisher=[[Badminton World Federation]]|access-date=5 Agustus 2018}}</ref><ref name="fs">{{cite news|date=4 September 2016|title=Viktor Axelsen|url=https://www.fyens.dk/sport/Viktor-Axelsen/artikel/3062183|language=da|publisher=[[Fyens Stiftstidende]]|access-date=5 Agustus 2018}}</ref> Ia tinggal bersama ayahnya setelah kedua orang tuanya berpisah, kemudian hidup sendiri di [[Kopenhagen]] saat usianya menginjak 17 tahun serta bergabung dengan tim nasional.<ref>{{cite web|date=19 Oktober 2015|title=丹麦羽球新星：学北京腔将近两年 偶像是林丹|url=http://www.chinanews.com/ty/2015/10-19/7576421.shtml|website=www.chinanews.com|language=zh|access-date=18 Maret 2020}}</ref> Ayahnya Henrik Axelsen menjalankan bisnis agensi periklanan selama beberapa tahun, akan tetapi sekarang bekerja penuh sebagai manajer anaknya. Ibunya Gitte Lundager memiliki toko di pusat Odense dengan salon tata rambut, kosmetik dan pakaian mode. Axelsen dilabeli sebagai Pemain Terbaik Tahun 2004 oleh klub bulu tangkis Odense.<ref name="us">{{cite web|last=Stockholm|first=Frank|title=Stor i slaget Viktor Axelsen saetter sin serv som han vil|url=https://www.udogse.dk/stor-i-slaget-viktor-axelsen-saetter-sin-serv-som-han-vil/|website=www.udogse.dk|language=da|access-date=5 Agustus 2018}}</ref>
