Saat ini Stasiun Pondok Rajeg belum dapat dioperasikan. Kondisinya rusak, memprihatinkan dan tidak terawat sejak 2013 dan di sekujur stasiun penuh dengan [[vandalisme]]. Saat malam, tempat ini sering digunakan sebagai tempat nongkrong sembari menikmati [[KRL]] dan [[kereta api semen Nambo]] yang tengah melintas.<ref>{{cite news|url=http://bogor.tribunnews.com/2017/01/09/stasiun-pondok-rajeg-kondisinya-memprihatinkan-warga-kalau-malam-jadi-tempat-mojok-anak-muda|publisher=Tribun Bogor|date=9 Januari 2017|title=Stasiun Pondok Rajeg Kondisinya Memprihatinkan, Warga: Kalau Malam Jadi Tempat Mojok Anak Muda|accessdate=6 Agustus 2017}}</ref>
Pada [[3 Juni]] [[2021]], [[Badan Pengelola Transportasi Jabodetabek|BPTJ]] bersama Kadishub Depok dan perwakilan dari Pemerintah Kota Depok melaksanakan kajian lapangan sebagai upaya menindaklanjuti pertemuan [[Kementerian Perhubungan]] (Kemenhub) dan BPTJ terkait reaktivasi haltestasiun ini bersama dengan [[Halte Gunung Putri]].<ref name="Instagram">{{Cite web|title=BPTJ 151 di Instagram ". Cung #anakkota yang tinggal di kawasan Pondok Rajeg dan Gunung Putri! Kamis, 3 Juni 2021 kemarin BPTJ bersama dengan Kadishub Depok…"|url=https://www.instagram.com/p/CPspUxKBvdR/|website=Instagram|language=id|access-date=2021-06-05}}</ref><ref>{{Cite web|last=Liputan6.com|date=2021-06-04|title=Stasiun Pondok Rajeg Cibinong Bogor Akan Kembali Diaktifkan|url=https://www.liputan6.com/news/read/4573711/stasiun-pondok-rajeg-cibinong-bogor-akan-kembali-diaktifkan|website=liputan6.com|language=id|access-date=2021-06-06}}</ref><ref>{{Cite web|title=Reaktivasi Stasiun Pondok Rajeg, Diperkirakan Beroperasi Mulai Tahun Depan|url=https://depoktoday.hops.id/perkotaan/pr-3082166166/reaktivasi-stasiun-pondok-rajeg-dishub-dan-bptj-survei-lapangan |website=Depok Today|language=id-ID|access-date=2022-06-26}}</ref> Mengawali proses pembangunan kembali halte ini, bangunan lama dan peron haltestasiun telah dibongkar sejak [[12 Juni]] [[2022]].<ref>{{Cite web|title=Reaktivasi Stasiun Pondok Rajeg, Diperkirakan Beroperasi Mulai Tahun Depan|url=https://jakarta.tribunnews.com/2022/06/01/reaktivasi-stasiun-pondok-rajeg-diperkirakan-beroperasi-mulai-tahun-depan|website=Tribunjakarta.com|language=id-ID|access-date=2022-06-16}}</ref>
