Saat ini Trans Jogja dipatok tarif Rp 3.500600,- untuk penumpang umum non-berlangganan, Rp 2.700,- untuk umum berlangganan, dan Rp 1.800,- untuk pelajar berlangganan.<ref name=":0">{{Cite web|title=Trans Jogja {{!}} DISHUB DI Yogyakarta|url=http://dishub.jogjaprov.go.id/trans-jogja|website=dishub.jogjaprov.go.id|language=en|access-date=2018-03-04}}</ref> Untuk mempermudah pembayaran, Trans Jogja menerima pembayaran secara tunai dan non-tunai. Pembayaran tunai dapat dilakukan baik di halte yang dijaga oleh petugas maupun langsung di dalam bus. Selain itu pembayaran non-tunai sebesar Rp 2.700,00 dapat dilakukan dengan menggunakan kartu uang elektronik perbankan seperti BRIZZI ([[Bank BRI]]), TapCash ([[Bank BNI]]), e-Money ([[Bank Mandiri]]), Kartu Multi Trip/KMT (([[KRL Commuter Line|KAI Commuter]]) Segera Hadir), dan Flazz ([[Bank BCA]] dan [[Bank BPD DIY]]), serta dapat juga menggunakan akun dompet digital LinkAja, GoPay, dan AstraPay melalui aplikasi Trans Jogja.
{| class="wikitable"
|+Tabel metode pembayaran
Baris 72:
|Rp3.600
|-
| rowspan="23" |Kartu Langganan Trans Jogja
|Regular Card
|Rp2.700
|-
| rowspan="2" |Student Card
|Rp1.800
|-
|Rp 60
|-
| rowspan="5" |[[Uang elektronik|Kartu Uang Elektronik]] (KUE)
