Sejak akhir tahun 2015, Wimboh terpilih melalui rapat umum pemegang saham luar biasa (RUPSLB) Bank Mandiri, untuk mengisi posisi sebagai komisaris utama bank tersebut.
Pada pertengahan tahun 2017, Wimboh Santoso terpilih jadi Ketua Dewan Komisioner (DK) Otoritas Jasa Keuangan (OJK) periode 2017-2022. Wimboh unggul melalui voting atas Sigit Pramono setelah mengancam akan menolak menjadi anggota dan mengatakan dirinya lebih baik bekerja di luar OJK jika tidak terpilih sebagai ketua. <ref name="Tolak">[https://www.cnnindonesia.com/ekonomi/20170605190014-78-219621/wimboh-santoso-tolak-kursi-anggota-ojk-jika-gagal-jadi-ketua]</ref>
Pertengahan Januari 2018, Wimboh diangkat sebagai Ketua Umum Masyarakat Ekonomi Syariah (MES) periode 2018-2021. Pengangkatan dan penetapan Wimboh Santoso dilakukan melalui penyerahan resmi Surat Keputusan MES yang disampaikan Ketua Dewan Pembina MES KH Maruf Amin di Jakarta.
Semenjak memimpin OJK, semakin banyak kasus-kasus penipuan yang tidak terselesaikan. Kasus penggelapan dana nasabah dan gagal bayar oleh asuransi Bumiputera <ref name="Bumiputera">[https://www.cnnindonesia.com/nasional/20210128091651-12-599362/kasus-penggelapan-dana-ajb-bumiputera-rp8-m-3-jadi-tersangka]</ref>, WanaArtha <ref name="Wanaartha">[https://www.kompas.tv/article/317844/kasus-penggelapan-premi-asuransi-bagaimana-nasib-uang-nasabah-wanaartha]</ref>,AIA <ref name="AIA">[https://www.cnbcindonesia.com/news/20210327200838-4-233367/nasabah-teriak-merasa-ditipu-ini-respons-asuransi-aia]</ref>, Prudential <ref name="Prudential">[https://finance.detik.com/moneter/d-5905144/korban-unit-link-muncul-lagi-nasabah-prudential-ngaku-rugi-rp-6-m]</ref> dan AXA Mandiri <ref name="AXA">[https://kliklegal.com/kisruh-korban-nasabah-asuransi-begini-respon-axa-mandiri/]</ref> yang berlarut-larut, rentenir pinjaman online ilegal semakin banyak, bahkan yang terdaftar dan di bawah pengawasan OJK sekalipun beroperasi dengan cara-cara mafia <ref name="Pinjol">[https://finansial.bisnis.com/read/20210630/563/1411899/ngeri-swi-ungkap-pinjol-ilegal-merupakan-kegiatan-mafia]</ref> seperti mengancam menyebar data pribadi nasabah, meneror semua kontak pada hp nasabah dan menagih bukan pada nasabah melainkan orang lain yang tidak ada sangkut pautnya dengan nasabah.
Bahkan OJK dan Wimboh telah digugat sebesar Rp. 321 Miliar oleh para korban asuransi. Gugatan ini telah dikabulkan oleh Pengadilan Negeri Jakarta Pusat pada tanggal 1 Juli 2022 dengan nomor 373/Pdt.G/2022/PN. <ref name="Gugatan">[https://kabar24.bisnis.com/read/20220704/16/1551119/ojk-dan-wimboh-santoso-cs-digugat-rp321-miliar]</ref>
OJK lepas tangan dan tidak mau membantu dalam hal hukum, hanya sekedar menerima laporan saja. Hal ini menunjukkan kemunduran dan praktik menyembunyikan masalah dalam hal kepemimpinan Wimboh. Para pendukung Wimboh pun mengikuti langkah-langkah tersebut dengan cara terus menerus menghapus dan menyembunyikan fakta-fakta di berbagai media online.
