Pemerintahan Hamengkubuwana VI berakhir ketika ia meninggal dunia pada tanggal [[20 Juli]] [[1877]]. Ia digantikan putra tertuanya, [[Hamengkubuwana VII|Gusti Raden Mas Murtejo]], sebagai [[sultan]] selanjutnya bergelar [[Hamengkubuwana VII]].
Naiknya Hamengkubuwana VII menggantikan ayahnya [[Hamengkubuwana VI]] sebagai raja Yogyakarta yang baru mendapat tentangan dari permaisuri Almarhum [[Hamengkubuwana V|Sultan Hamengkubuwana V]], Gusti Kanjeng Ratu Sekar Kedhaton, karena seharusnya yang naik takhta adalah [[Timur Muhammad|Gusti Raden Mas Timur Muhammad]] putra [[Hamengkubuwana V]]. Keduanya lalu ditangkap dengan tudingan telah melakukan pembangkangan terhadap raja dan istana. Hukuman pun dijatuhkan, sekaligus untuk menghapus trah Sultan Hamengkubuwana V dan demi melanggengkan kekuasaan Sultan Hamengkubuwana VII beserta keturunannya nanti. Gusti Kanjeng Ratu Sekar Kedhaton dan [[Timur Muhammad|Gusti Raden Mas Timur Muhammad]] harus menjalani hukuman buang ke [[Manado]], [[Sulawesi Utara]], hingga keduanya meninggal dunia di sana.<ref name="tragedi"/>
