Penting untuk dicatat bahwa E2EE tidak sama dengan [[Kerahasiaan pribadi|privasi]]PRIVASI atau keamanan.{{Verifikasi kredibilitas|date=August 2021}}
Dalam banyak sistem perpesanan, termasuk surel dan banyak jaringan obrolan, pesan melewati perantara dan disimpan oleh pihak ketiga,<ref>{{Citeweb|title=Cryptography Concepts - Fundamentals - E3Kit {{!}} Virgil Security|url=https://developer.virgilsecurity.com/docs/e3kit/fundamentals/cryptography/#end-to-end-encryption|website=developer.virgilsecurity.com|access-date=2020-10-30}}</ref> daridaripada mana pesan tersebut diambil oleh penerima. Bahkan jika pesan dienkripsi, mereka hanya dienkripsi 'dalam perjalanan', dan dengan demikian dapat diakses oleh penyedia layanan,<ref>{{Cite web|last=Mundhenk|first=Ben Rothke and David|date=2009-09-10|title=End-to-End Encryption: The PCI Security Holy Grail|url=https://www.csoonline.com/article/2124346/end-to-end-encryption--the-pci-security-holy-grail.html|website=CSO Online|language=en|access-date=2020-11-04}}</ref> terlepas dari apakah enkripsi server-side disk digunakan. Enkripsi server-side disk pada hanya mencegah pengguna yang tidak berwenang melihat informasi ini. Itu tidak mencegah perusahaan itu sendiri untuk melihat informasi, karena mereka memiliki kunci dan dapat dengan mudah mendekripsi data ini.
Hal ini memungkinkan pihak ketiga untuk menyediakan pencarian dan fitur lainnya, atau untuk memindai konten ilegal dan tidak dapat diterima, tetapi juga berarti mereka dapat dibaca dan disalahgunakan oleh siapa saja yang memiliki akses ke pesan yang tersimpan di sistem pihak ketiga, baik itu dengan desain atau melalui [[Pintu belakang (komputer)|pintu belakang]]. Hal ini dapat dilihat sebagai perhatian dalam banyak kasus di mana privasi sangat penting, seperti bisnis yang reputasinya bergantung pada kemampuan mereka untuk melindungi data pihak ketiga, negosiasi dan komunikasi yang cukup penting untuk memiliki risiko 'peretasan' atau pengawasan yang ditargetkan, dan di mana subjek sensitif seperti [[kesehatan]], dan informasi tentang anak di bawah umur terlibat{{Explain|reason=how E2EE definition is distinct from Forward secrecy or DTLS|date=June 2020}}.