UntukPada awalnya setup perangkat MojoPac, pengguna menjalankan installer dan memilih perangkat [[USB]] terpasang ke sistem. Setelah MojoPac terinstal, menciptakan sebuah dieksekusi di root perangkat yang bersama dengan file autorun yang memberikan pengguna pilihan untuk memulai lingkungan MojoPac secara otomatis saat perangkat terpasang (tergantung bagaimana host PC dikonfigurasi). Setelah aplikasi ini dijalankan, baru Windows Desktop (dengan wallpaper sendiri, ikon, shell, dll) akan dimulai dalam lingkungan virtual MojoPac. Setiap aplikasi yang berjalan di dalam lingkungan ini berjalan dari perangkat USB tanpa mempengaruhi ''filesystem'' dari tuan rumah. Seorang pengguna menginstal aplikasi yang paling (termasuk [[Microsoft Office]], [[Adobe Photoshop]], [[Firefox]] ) pada perangkat penyimpanan portabel hanya dengan menjalankan installer di dalam lingkungan ini. Pengguna dapat beralih antara lingkungan host dan lingkungan MojoPac dengan menggunakan MojoBar di bagian atas layar. Setelah pengguna dilakukan dengan aplikasi, mereka hanya keluar dari MojoPac dan mengeluarkan perangkat USB.
Untuk menjalankan aplikasi pada komputer yang berbeda, pengguna tidak perlu menginstal ulang aplikasi. Pengguna dapat pasang perangkat penyimpanan portabel ke setiap [[Windows XP]] komputer. Semua pengaturan pengguna, aplikasi, dan dokumen fungsi yang sama terlepas dari mana komputer perangkat penyimpanan portabel terhubung ke. Komputer tidak memerlukan aplikasi khusus atau driver yang diinstal untuk menggunakan MojoPac, meskipun hak administrator diperlukan jika "User MojoPac" belum diinstal pada PC host.
