Pepsin dapat dihambat oleh pH tinggi atau oleh senyawa inhibitor. [[Pepstatin]] adalah senyawa dengan berat molekul rendah dan inhibitor potensial yang spesifik untuk protease asam dengan Ki sekitar 10<sup>-10−10</sup> M untuk pepsin. Residu statil pada pepstatin dianggap bertanggung jawab atas inhibisi pepstatin pada pepsin; [[statin]] merupakan analog potensial dari keadaan transisi untuk katalisis oleh pepsin dan protease asam lainnya. Pepstatin tidak secara kovalen mengikat pepsin sehingga penghambatan pepsin oleh pepstatin reversibel.<ref name="pmid339690">{{cite journal | vauthors = Marciniszyn J, Hartsuck JA, Tang J | title = Pepstatin inhibition mechanism | journal = Advances in Experimental Medicine and Biology | volume = 95 | issue = | pages = 199–210 | year = 1977 | pmid = 339690 | doi = 10.1007/978-1-4757-0719-9_12 }}</ref> 1-bis(diazoasetil)-2-feniletana secara reversibel menginaktivasi pepsin pada pH 5, suatu reaksi yang dipercepat dengan adanya Cu(II).<ref name="pmid4941985">{{cite journal | vauthors = Husain SS, Ferguson JB, Fruton JS | title = Bifunctional inhibitors of pepsin | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | volume = 68 | issue = 11 | pages = 2765–8 | date = November 1971 | pmid = 4941985 | pmc = 389520 | doi = 10.1073/pnas.68.11.2765 | bibcode = 1971PNAS...68.2765H }}</ref> Sukralfat juga menginhibisi pepsin.
Pepsin juga mengalami inhibisi umpan balik; produk pencernaan protein memperlambat reaksi dengan menghambat pepsin.<ref name="Northrop_1932">{{cite journal | vauthors = Northrop HJ | title = The story of the isolation of crystalline pepsin and trypsin | journal = The Scientific Monthly | year = 1932 | volume = 35 | issue = 4 | pages = 333–340 | bibcode = 1932SciMo..35..333N }}</ref><ref name="pmid4897199">{{cite journal | vauthors = Greenwell P, Knowles JR, Sharp H | title = The inhibition of pepsin-catalysed reactions by products and product analogues. Kinetic evidence for ordered release of products | journal = The Biochemical Journal | volume = 113 | issue = 2 | pages = 363–8 | date = Juni 1969 | pmid = 4897199 | pmc = 1184643 | doi = }}</ref>
