Dalam deskripsi mereka tahun 2003, Pereda-Suberbiola dan rekannya menganggap ''Phosphatodraco'' sebagai anggota Azhdarchidae berdasarkan ciri-ciri seperti vertebra serviks seri tengah yang memanjang, dengan [[vestigialitas]] rendah (hampir hilang secara evolusioner) atau tidak ada duri saraf, adanya tuberkel prezygapophyseal, sepasang sulkus bawah dekat prezygapophyses, dan kurangnya foramina pneumatik oval pada permukaan bawah centra. Fitur-fitur ini sangat mirip dengan ''Quetzalcoatlus'' dan ''[[Azhdarcho]]''. Ciri-ciri lain yang membedakan kelompok tersebut tidak dapat diidentifikasi di ''Phosphatodraco'' karena pelestarian fosilnya.<ref name="PSetal03">{{Cite journal|last=Suberbiola|first=Xabier Pereda|last2=Bardet|first2=Nathalie|last3=Jouve|first3=Stéphane|last4=Iarochène|first4=Mohamed|last5=Bouya|first5=Baâdi|last6=Amaghzaz|first6=Mbarek|date=2003|title=A new azhdarchid pterosaur from the Late Cretaceous phosphates of Morocco|url=https://www.researchgate.net/publication/249551388|journal=Geological Society, London, Special Publications|volume=217|issue=1|pages=79–90|bibcode=2003GSLSP.217...79S|doi=10.1144/GSL.SP.2003.217.01.08}}</ref>
Longrich dan rekannya melakukan [[Filogeni|analisis filogenetik]] yang mencakup pterosaurus Maroko pada 2018, dan menemukan ''Phosphatodraco'' sebagai azhdarchid, dan [[Takson saudara|saudara takson]] ''[[Aralazhdarcho]]'' dari [[Kazakhstan]]. <ref name="Longrich2018">{{Cite journal|last=Longrich|first=Nicholas R.|last2=Martill|first2=David M.|last3=Andres|first3=Brian|last4=Penny|first4=David|date=2018|title=Late Maastrichtian pterosaurs from North Africa and mass extinction of Pterosauria at the Cretaceous-Paleogene boundary|journal=PLOS Biology|volume=16|issue=3|pages=e2001663|doi=10.1371/journal.pbio.2001663|pmc=5849296|pmid=29534059}}</ref> Analisis tahun 2021 oleh Rodrigo dan rekannya juga menemukan bahwa kedua genera ini adalah saudara taksa, bergabung dalam satu [[Klad|cladeklad]] oleh ''[[Eurazhdarcho]]'' dari Rumania. Clade ini didukung oleh satu [[''synapomorphy]]'' yang jelas (fitur yang berbeda dan dimiliki oleh nenek moyang), bahwa margin samping vertebra mid-cervical lurus jika dilihat dari atas dan bawah, dengan sisi yang hampir sejajar. Para peneliti ini mencatat bahwa penelitian sebelumnya telah mendefinisikan Azhdarchidae sebagai clade berbasis simpul dengan ''Azhdarcho'' dan ''Quetzalcoatlus'' sebagai penentu internal, tetapi memperingatkan bahwa dalam filogeni baru mereka, ''Phosphatodraco'', ''Zhejiangopterus'', dan ''Eurazhdarcho'' akan berada di luar grup. Mereka menganggap hal ini tidak diinginkan, karena genera tersebut secara konsisten telah dianggap sebagai azhdarchids, dan demi stabilitas, ''Phosphatodraco'' harus ditambahkan sebagai penentu internal ketiga untuk grup tersebut, karena ini akan mengakibatkan semua taksa ini disertakan.<ref name="Aerotitan2">{{Cite journal|last=Pêgas|first=Rodrigo V.|last2=Holgado|first2=Borja|last3=Ortiz David|first3=Leonardo D.|last4=Baiano|first4=Mattia A.|last5=Costa|first5=Fabiana R.|date=2021|title=On the pterosaur ''Aerotitan sudamericanus'' (Neuquén Basin, Upper Cretaceous of Argentina), with comments on azhdarchoid phylogeny and jaw anatomy|journal=Cretaceous Research|volume=129|pages=104998|doi=10.1016/j.cretres.2021.104998}}</ref>
Pada tahun 2021 ahli paleontologi Brian Andres dan rekannya juga menemukan ''Phosphatodraco'' dan ''Aralazhdarcho'' sebagai taksa saudara perempuan, didukung oleh pengurangan foramina pneumatik di sisi kanal saraf. Clade ini ditemukan sebagai bagian dari subclade azhdarchid Quetzalcoatlinae. [[Kladogram]] di bawah ini menunjukkan penempatan ''Phosphatodraco'' di dalam [[''Azhdarchiformes]]'' menurut Andres dan rekan, 2021:<ref name="Andres">{{Cite journal|last=Andres|first=Brian|date=2021|title=Phylogenetic systematics of ''Quetzalcoatlus'' Lawson 1975 (Pterodactyloidea: Azhdarchoidea)|journal=Journal of Vertebrate Paleontology|volume=41|issue=sup1|pages=203–217|doi=10.1080/02724634.2020.1801703}}</ref>
[[Berkas:QuetzalcoatlusROM.JPG|ka|jmpl|Kerangka ''Quetzalcoatlus'' yang direkonstruksi dalam pose terbang]]
