Syekh Kholil al-Bangkalani berasal dari keluarga ulama. Ayahnya, KH Abdul Lathif, mempunyai pertalian darah dengan [[Sunan Gunung Jati]]. BuyuyBuyut beliau Syarifah Khodijah putri Sayyid Asror Karomah bin Kiai Abdullah bin Ali Akbar bin [[Sayyid Sulaiman]] Kanigoro [[Mojoagung, Jombang|Mojoagung]]. Sayyid Sulaiman inilah yang merupakan anak dari Sayyid Zen [[Sunan Gunung Jati]].<ref name=":1">Isbath Silsilah KH. Mas Nus Hasan Ghozi Pondok Pesantren Sidogiri dari Naqobah Asyrof Kerajaan MAroko</ref> Al Husaini. sedangkan ayah Kiai Abdl Latif Adalah Kiai Hamim bin Muharram bin Abdul Karim Keturunan Kanjeng Sunan Giri bin Maulana Ya'qub bin Sayyid Ibrahim (Maulana Ishaq) Al Hasani.
Pada usia 24 tahun, Syekh Kholil menikahi Nyai Asyik, putri Lodra Putih.
