Ia dilahirkan di [[Madinah]] pada tanggal 17 Rabiul Awwal 83 Hijriyah atau kurang lebih pada tanggal [[20 April]] [[702]] [[Masehi]]. Ia merupakan anak sulung dari [[Muhammad al-Baqir]], sedangkan ibunya bernama Fatimah (beberapa riwayat menyatakan Ummu Farwah) binti [[al-Qasim]] bin [[Muhammad bin Abu Bakar|Muhammad]] bin [[Abu Bakar]]. Melalui garis ibu, ia dua kali merupakan keturunan Abu Bakar, karena [[al-Qasim]] menikahi putri pamannya, [[Abdullah bin Abu Bakar|Abdurahman bin Abu Bakar]]. Namun, hal ini tidak begitu bermakna mengingat garis patrilineal dalam masyarakat Arab, dan tidak serta-merta mewakili semangat rekonsiliasi antara Syiah dengan Sunni. Ia dilahirkan pada masa pemerintahan [[Abdul-Malik bin Marwan]], dari [[Bani Umayyah]]. Namun, informasi atau ketarangan mengenai Fatimah binti al-Qasim bin Muhammad bin Abu Bakar bersifat ''misleading'' karena beberapa hal. Pertama, otoritas ensiklopedia Shia seperti WikiShia [https://en.wikishia.net/view/Imam_Ja%27far_b._Muhammad_al-Sadiq_(a) tidak mencantumkan informasi yang menunjukkan bahwa ia merupakan keturunan Abu Bakar dari garis ibu]. Kedua, [https://en.wikishia.net/view/Imam_Ja%27far_b._Muhammad_al-Sadiq_(a) laman Wikishia mengenai Imam Ja'far b. Muhammad al-Sadiq (a)] justru menunjukkan bahwa Fatimah ialah anak perempuan dari al-Husayn b. 'Ali b. al-Imam al-Husayn (a), dan hal ini koheren dengan patrilineal dalam masyarakat Arab. Dengan kata lain, tidak signifikan untuk menyoroti garis keturunan Fatima secara matrilineal. Ketiga, fakta historis bahwa Imam Ja'far b. Muhammad al-Sadiq (a) menikah dengan Fatimah tidak cukup signifikan untuk mendukung klaim yang beredar di sebagian kalangan Sunni bahwa hal ini merupakan simbolisasi dari semangat untuk ishlah antara golongan Syiah dengan Sunni. Tidak ada catatan historis maupun riset akademis yang mendukung klaim tersebut.
