Kepulauan Raja Ampat menjadi saksi dari berbagai pertempuran Indonesia dalam upaya [[operasi Trikora]]. SepertiPenyusupan pertama ke kepulauan Raja Ampat adalah usaha PG 200 pada 14 September 1961 berjumlah 39 orang dibawah Letnan Jamaluddin Nasution. Sayangnya Letnan Nasution beserta dua org papua, Gerson Esurd dan Wos Ombosapu (dari ''Gerakan Pelarian Pemuda'') gugur dalam usaha ini. Lalu pasukan PG 300, Komando kompi 191261 dibawah Letnan Nana yang berusaha menginfiltrasi [[Pulau Gag]] dalam usaha ini sekitar 29 warga lokal ikut bergabung komando ini, dan KI 191260 dibawah [[Sersan Mayor (TNI)|Serma]] Boy Thomas yang berasal dari Pulau Yu menuju ke [[Tanjung Dalpele]] di [[Pulau Waigeo]] setelah berhasil berlindung di Pulau Bala-Bala. Usaha ini dilanjutkan dengan PG 400 (anggota selamat KRI Macan Tutul) pimpinan Charles Papilaya dan PG 500 (mantan pemberontak [[Permesta]]) yang dipimpin oleh Jonkey Robert Komontoy yang berangkat dari Gebe menuju Waigeo. Di sana mereka berhasil bergabung dengan [[Herlina Kasim]] dan juga PG 200 yang sudah datang lebih dahulu. Keberadaan para pasukan ini di Waigeo hingga akhir konflik dengan [[perjanjian New York]] dikarenakan pasukan Belanda jarang mengunjungi wilayah ini.<ref name="Kemdikbud 1983 p.81">{{Cite web|last1=Patiara|first1=John|last2=Renwarin|first2=Herman|last3=Soedharto|first3=Bondan|last4=Palangan|first4=M.|date=1983|title=Sejarah Perlawanan Terhadap Imperialis dan Kolonialisme di Daerah Irian Jaya|url=http://repositori.kemdikbud.go.id/14100/1/Sejarah%20perlawanan%20terhadap%20imperialisme%20dan%20kolonialisme%20di%20daerah%20irian%20jaya.PDF|website=Kemdikbud|pages=81| access-date=18 Januari 2023}}</ref><ref name="25 Tahun Trikora 1998 hlm 96-109">{{cite book | title=25 tahun Trikora | website=Google Play Books | year=1988 | url=https://play.google.com/books/reader?id=650vAAAAMAAJ&pg=GBS.PR2&hl=en | language=id |pages=96-109 | access-date=2021-11-01}}</ref><ref name="Kemdikbud 1983 p.91-99">{{Cite web|last1=Patiara|first1=John|last2=Renwarin|first2=Herman|last3=Soedharto|first3=Bondan|last4=Palangan|first4=M.|date=1983|title=Sejarah Perlawanan Terhadap Imperialis dan Kolonialisme di Daerah Irian Jaya|url=http://repositori.kemdikbud.go.id/14100/1/Sejarah%20perlawanan%20terhadap%20imperialisme%20dan%20kolonialisme%20di%20daerah%20irian%20jaya.PDF|website=Kemdikbud|pages=91–99| access-date=3 November 2021}}</ref>
Pada akhirnya Pulau Papua berhasil dikuasai Indonesia di tahun 1963. Di tahun 1969, Pemerintah mulai menyusun pembagian administratif di wilayah ini. Bekas ''onderafdeeling'' Sorong diubah menjadi Kabupaten Sorong yang wilayah cakupannya mirip Provinsi Papua Barat Daya yang sekarang.<ref>UU Nomor 12 Tahun 1969</ref> Pulau Doom yang lahannya sempit mulai ditinggalkan sedangkan Kota Sorong di daratan Pulau Papua lama kelamaan semakin ramai dan padat penduduk karena lokasinya yang strategis. Pulau Doom sekarang menjadi ibukota kecamatan Sorong Kepulauan sedangkan bangunan tua disana dipugar menjadi kantor pemerintah atau dibiarkan terbengkalai. Jumlah penduduk di Sorong juga bertambah dengan dibukanya program [[transmigrasi]] oleh pemerintah.<ref name="Kompas" /><ref>{{Cite web|url=https://kependudukan.brin.go.id/kajian-kependudukan/migrasi-penduduk-ke-kota-sorong/|title=Migrasi Penduduk ke Kota Sorong|last=Inayah|first=Hidayati|publisher=BRIN - LIPI|year=2018}}</ref> Karena Sorong semakin berkembang pesat, pemerintah daerah mengusulkan peningkatan status Sorong menjadi Kota Administratif yang kemudian disetujui Kementerian Dalam Negeri pada tahun 1996.
