Konflik Sampit tahun 2001 bukanlah insiden yang terisolasi, karena telah terjadi beberapa insiden sebelumnya antara warga Dayak dan Madura.<ref name=MENTARI>[[#References-Mentari-Sampit|Mentari Sampit]], 2001</ref> Konflik besar terakhir terjadi antara Desember 1996 dan Januari 1997 yang mengakibatkan 600 korban tewas.<ref name=hrw>{{cite web|publisher=Human Rights Watch|date=February 28, 2001|title=Indonesia: The Violence in Central Kalimantan (Borneo)|url=http://www.hrw.org/backgrounder/asia/borneo0228.htm|accessdate=2008-08-13}}</ref> Penduduk Madura pertama tiba di [[Kalimantan]] tahun 1930 di bawah [[transmigrasi|program transmigrasi]] yang dicanangkan oleh pemerintah kolonial Belanda dan dilanjutkan oleh pemerintah Indonesia.<ref>{{cite web|title=Immigration and Conflict in Indonesia|author=Tri Nuke Pudjiastuti|publisher=IUSSP Regional Population Conference, Bangkok|date=June 2002|accessdate=2008-08-13|url=http://www.iussp.org/Bangkok2002/S15Pudjiastuti.pdf|archive-date=2012-02-09|archive-url=https://web.archive.org/web/20120209225410/http://www.iussp.org/Bangkok2002/S15Pudjiastuti.pdf|dead-url=yes}}</ref> Tahun 2000, transmigran membentuk 21% populasi Kalimantan Tengah.<ref name=flashpoint>{{cite news|publisher=BBC|date=June 28, 2004|access-date=August 13, 2008|url=http://news.bbc.co.uk/2/hi/asia-pacific/3811219.stm|title=Indonesia flashpoints: Kalimantan}}</ref> Suku Dayak merasa tidak puas dengan persaingan yang terus datang dari warga Madura yang semakin agresif. Hukum-hukum baru telah memungkinkan warga Madura memperoleh kontrol terhadap banyak industri komersial di provinsi ini seperti perkayuan, penambangan dan perkebunan.<ref name=flashpoint/>
Ada sejumlah cerita yang menjelaskan insiden kerusuhan tahun 2001. Satu versi mengklaim bahwa ini disebabkan oleh serangan [[pembakaran]] sebuah rumah Dayak. Rumor mengatakan bahwa kebakaran ini disebabkan oleh warga Madura dan kemudian sekelompok anggota suku Dayak mulai membakar rumah-rumah di permukiman Madura.<ref name=MENTARI/> [[K.M.A. Usop]] dari Asosiasi Masyarakat Dayak mengklaim bahwa pembantaian oleh suku Dayak dilakukan demi mempertahankan diri setelah beberapa anggota mereka diserang.<ref name=cnn>{{cite news|url=http://edition.cnn.com/SPECIALS/2001/kalimantan/feature.html|publisher=CNN|accessdate=2008-08-13|title=Kalimantan's Agony: The failure of Transmigrasi|archiveurl=https://web.archive.org/web/20080531082101/http://edition.cnn.com/SPECIALS/2001/kalimantan/feature.html|archivedate=2008-05-31|dead-url=no}}</ref> Selain itu, juga dikatakan bahwa seorang warga Dayak disiksa dan dibunuh oleh sekelompok warga Madura setelah sengketa judi di desa Kerengpangi pada 17 Desember 2000.<ref>{{cite news|publisher=Time|accessdate=2008-08-13|url=http://www.time.com/time/world/article/0,8599,101389,00.html|title=The Darkest Season|date=March 5, 2001|author=Elegant, Simon|archive-date=2012-10-25|archive-url=https://web.archive.org/web/20121025114805/http://www.time.com/time/world/article/0,8599,101389,00.html|dead-url=yes}}</ref>
Versi lain mengklaim bahwa konflik ini berawal dari percekcokan antara murid dari berbagai ras di sekolah yang sama.<ref>{{cite web|url=http://www.infid.org/newinfid/newsdet.php?pci=612|title=Interim Report of KONTRAS Fact Finding into the Causes of the Sampit Tragedy|publisher=Kontras|accessdate=2008-08-14|archive-date=2007-05-18|archive-url=https://web.archive.org/web/20070518041615/http://www.infid.org/newinfid/newsdet.php?pci=612|dead-url=yes}}</ref>
