Dengan menyatakan bahwa mereka yang dikalahkan adalah orang-orang [[muslim]] yang taat dan bukanlah [[Apostasi|murtadin]], Ali mengumumkan pengampunan publik setelah peperangan tersebut.<ref>{{Harvtxt|Hazleton|2009|p=121}}</ref> Dia dikatakan melarang anak buahnya untuk menyakiti umat muslim yang menjadi tawanan, yang terluka, yang membelot dan yang kabur dari perperangan tersebut. Para tawanan dibebaskan, perempuan-perempuan dan anak-anak dari kaum mereka tidak diperbudak dan hanya persenjataan dan binatang lah yang menjadi harta rampasan. Ali pun memberikan uang dari pembendaharaan BasrahBasra sejumlah 500 dirham kepada tiap pasukannya sebagai gantinya.<ref>{{Harvtxt|Madelung|1997|pp=175, 179, 180}}. {{Harvtxt|Hazleton|2009|p=122}}. {{Harvtxt|Abbas|2021|p=141}}. {{Harvtxt|Rogerson|2006|p=298}}. {{Harvtxt|Veccia Vaglieri|2021b}}</ref> Namun hal ini menimbulkan kekecewaan di sebagian pasukan Ali, karena menurut mereka Ali telah merampas hak-hak mereka untuk memperoleh harta rampasan dan memperbudak perempuan-perempuan dan anak-anak dari kaum yang dikalahkan yang mana hal itu merupakan norma dalam Islam ketika mengalahkan suatu kaum.{{Sfn|Madelung|1997|pp=179-80}}{{Sfn|Veccia Vaglieri|2012b}} Ali juga disebut pernah mengatakan bahwa bila mereka ngotot agar Aisyah diperbudak, maka mereka harus melakukan pengundian untuk menentukan siapa yang akan mendapatkannya.{{Sfn|Madelung|1997|pp=179-80}} Pengampunan ini juga diperluas kepada para pemberontak kelas kakap seperti [[Marwan bin al-Hakam|Marwan]] dan putra-putra [[Utsman bin 'Affan|Utsman]], [[Thalhah bin Ubaidillah|Thalhah]], dan [[Zubair bin Awwam|Zubair]].<ref>{{Harvtxt|Madelung|1997|p=180, 181}}. {{Harvtxt|Abbas|2021|p=141}}. {{Harvtxt|Veccia Vaglieri|2021b}}</ref> Menurut Madelung, Ali bertanya kepada mereka apakah dirinya bukan orang yang paling dekat dengan Muhammad dan yang paling berhak atas kepemimpinan setelah kematian Muhammad. Dia kemudian membiarkan mereka pergi setelah mereka memohon pengampunan dan berbai'at kepada Ali. Sebuah laporan yang berbeda menyatakan bahwa Marwan yang tetap membangkang tetap dilepaskan tanpa berbai'at kepada Ali.<ref>{{Harvtxt|Madelung|1997|p=181}}</ref> Marwan segera bergabung dengan musuh Ali, [[Muawiyah bin Abu Sufyan|Muawiyah]], setelah pertempuran.<ref name=":13"/>
