Sementara keadaan desa Konoha sedang sangat kacau karena diserang pemimpin '[[Akatsuki]]' yaitu [[Pein]]Pain dan [[Konan]]. PeinPain yang telah memiliki satu tubuh baru lagi, menjadi sangat kuat dan tidak terkalahkan. Pein yang bertemu dengan [[Iruka]] langsung hendak membunuhnya tetapi diselamatkan oleh [[Kakashi]]. Pertarungan PeinPain dan [[Kakashi]] pun dimulai. Kakashi yang mengeluarkan [[Raikiri]] ditangkis dengan mudah oleh Pein. [[Tsunade]] yang hendak memanggil [[Naruto]] kembali oleh sepuh katak, ditahan oleh Danzo. Naruto yang sedang menjalani 'tes percobaan dengan chakra senjutsu' untuk yang terakhir ternyata juga mendapat hambatan. Konoha semakin gawat. Konan juga mulai beraksi dengan jutsu merubah tubuh menjadi kertas. Tsunade yang sangat khawatir dengan keadaan desa Konoha, segera memanggil [[Kuchiyose]] miliknya.
Kakashi vs PeinPain semakin mendekati akhir. Tapi pada waktu itu datanglah salah satu tubuh pain untuk membantu pain salah satu tubuh tersebut bebrubah menjadi senjata dan menyerang Kakashi. tapi karena kehebatan Kakashi
kakashi mengubah cakranya menjadi bayangan klon petir. tubuh kakashi pun lemah karena melepaskan semua chakranya. akhinya datanglah dua anggota klan Akimichi salah satu yang datang adalah ayah [[Chouji]]. Kedatangan klan [[Akimichi]], sangat membantu banyak bagi Kakashi. Walaupun dalam keadaan terdesak, Kakashi masih bisa mempunyai Ide. Awalnya, ide itu berjalan mulus untuk menyerang [[Pein]]Pain lewat dalam tanah oleh serangan Kakashi. Ternyata itu hanya sebuah trik Kakashi, untuk menyerang Pein oleh Chouji dan ayahnya. Serangan itu bisa ditahan oleh salah satu tubuh Pein yaitu Asura. Dalam Keadaan terkejut, Kakashi semakin tak berdaya. Dan dia diserang Pein dengan salah satu paku yang berasal dari bangunan yang runtuh. Di lain tempat, Naruto yang sedang istirahat mengkhawatirkan keadaan desanya jika diserang oleh Akatsuki. Fukasaku mencoba menghiburnya dengan memuji ninja-ninja [[Konoha]]. Setelah istirahat selesai, Fukasaku mengajak Naruto untuk latihan yang baru yaitu Fusion.
Sesaat sebelum paku tersebut mengenai kakashi dia menggunakan mangekyou sharingan untuk menghilangkan pakunya dan kakashi menggunakan tenaga terakhirnya untuk menolong chouji yang akan melapor pada tsunade. Disaat yang sama Danzo menunjukkan niat yang asli yaitu menjadi hokage yang baru.
