Selama pilkada ini berlangsung, banyak terjadi isu dan kasus yang berhubungan dengan [[Diskriminasi|SARA]], Terutama dari pihak Anies-Sandi yang diduga banyak orang dan pengamat politik telah melakukan praktik [[Politik identitas]] selama masa kampanye.<ref>{{Cite news|title=LSI: Intoleransi Politik di Umat Islam Meningkat Sejak Aksi 212|url=https://m.kumparan.com/kumparannews/lsi-intoleransi-politik-di-umat-islam-meningkat-sejak-aksi-212-1537790174392338073|work=[[Kumparan (situs web)|Kumparan]]|last=Arief|first=Teuku Muhammad Valdy}}</ref><ref>{{Cite news|title=Jenazah Nenek Hindun Ditelantarkan Warga Setelah Pilih Ahok|url=https://www.liputan6.com/news/read/2882270/jenazah-nenek-hindun-ditelantarkan-warga-setelah-pilih-ahok|work=[[Liputan6.com]]|language=id|last=AR|first=Muslim|editor-last=Yulika|editor-first=Nila Chrisna}}</ref> [[Siti Zuhro]], peneliti senior dari [[Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia|Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI)]] berpendapat bahwa Pilkada DKI Jakarta 2017 ia catat sebagai "Pilkada terburuk karena tidak mampu mengedepankan rasionalitas" dan terjadi penggiringan ke "isu sensitif seperti SARA".<ref>{{Cite news|title=Dinodai Isu SARA, Pilkada DKI 2017 Jadi Terburuk Sepanjang Sejarah|url=https://megapolitan.okezone.com/read/2017/04/10/338/1663590/dinodai-isu-sara-pilkada-dki-2017-jadi-terburuk-sepanjang-sejarah |work=[[Okezone.com]]|last=Badriyanto}}</ref>
