Restoran ini tercatat pernah memasuki Indonesia di tahun 1990-an, dengan memiliki dua gerai di [[Kelapa Gading]] Food Court dan Gedung [[Bursa Efek Indonesia]] (keduanya di [[Jakarta]]) di tahun 1996,<ref>Buku petunjuk telepon petunjuk belanja Jakarta, Mei 1996-1997</ref> namun kemudian menghilang. Belakangan, di tahun 2010, PT Fortune Food International kembali membawa Carl's Jr. kembali ke Indonesia dengan membuka gerai pertamanya di [[Grand Indonesia]], Jakarta. Pada saat itu ditargetkan akan dibuka 25 gerai restoran ini kedepannya.<ref>[https://www.tribunnews.com/lifestyle/2010/08/01/burger-carls-jr-masuk-indonesia Burger Carl’s Jr Masuk Indonesia]</ref> Namun, di tahun 2013, hak waralaba Carl's Jr. di Indonesia dialihkan ke PT Mega Mahadana Hadiya, perusahaan milik Grup Trakindo (keluarga Hamami). Mereka lalu mendirikan PT Generasi Mutiara Bangsa, dan mengambilalih pengelolaan 5 gerai Carl's Jr. yang sudah ada. Adapun gerai restoran ini dibawah manajemen baruPT Generasi Mutiara Bangsa dibuka pada Januari 2014, di Bintaro Jaya Xchange Mall dan Februari 2014 di [[Bandar Udara Internasional Juanda]], [[Surabaya]].<Ref>[https://swa.co.id/swa/capital-market/corporate-action/grup-trakindo-mengakuisisi-fastfood-carls-jr Grup Trakindo Mengakuisisi Fastfood Carl’s Jr.]</ref>
Produk-produk restoran ini yang ada di Indonesia sudah bersertifikasi halal, meliputi kentang goreng, ayam teriyaki, burger, ''[[sandwich]]'' ayam, dan lainnya. Beberapa lokasi Carl's Jr. yang ada di Indonesia, seperti:
