IgnasiusJonan merupakan alumnus [[SMA Katolik St. Louis 1 Surabaya]] dan pada tahun 1982 IgnasiusJonan melanjutkan pendidikannya pada program studi S-1 Akuntansi, Fakultas Ekonomi dan Bisnis UNAIR, lulus tahun 1986.<ref>{{Cite news|url=http://news.unair.ac.id/2016/11/18/9-alumnus-unair-duduki-posisi-strategis-di-pemerintahan/|title=http://news.unair.ac.id/2016/11/18/9-alumnus-unair-duduki-posisi-strategis-di-pemerintahan/|newspaper=Unair News|access-date=2016-11-24}}</ref> Ia juga pernah mengenyam pendidikan di Fletcher School, [[Universitas Tufts]], [[Amerika Serikat]].
