Setelah lulus sekolah dasar pada tahun 1975 di SDN 1 [[Petamburan, Tanah Abang, Jakarta Pusat]], pada tahun 1976 Rizieq melanjutkan sekolah menengahnya ke SMP 40 [[Pejompongan]], [[Jakarta Pusat]]. Namun karena jarak sekolah dengan rumahnya di [[Petamburan, Tanah Abang, Jakarta Pusat|Petamburan]] terlalu jauh, ia kemudian dipindahkan ke sekolah yang relatif lebih dekat dengan tempat tinggalnya, yaitu SMP Kristen Bethel Petamburan dan lulus tahun 1979.<ref name=":0" /> Ia kemudian melanjutkan sekolahnya di [[SMA Negeri 4 Jakarta]] di [[Gambir]], namun lulus dari SMA Islamic Village [[Tangerang]] pada tahun 1982.<ref name=":1" />
Pada tahun [[1983]], Rizieq mengambil kelas [[bahasa Arab]] di [[Lembaga Ilmu Pengetahuan Islam dan Arab]] (LIPIA). Namun setelah satu tahun menempuh studi, ia mendapat tawaran beasiswa dari [[Organisasi Kerjasama Islam]] (OKI) untuk kuliah di [[Arab Saudi]].<ref name=":5" /> Ia pun melanjutkan program sarjana jurusan [[Pendidikan agama Islam|Studi Agama Islam]] ([[Fiqih]] dan [[Ushul Fiqh]]) ke [[Universitas Raja Saud]] yang ditempuhnya selama empat tahun. Pada tahun [[1990]], Habib Rizieq Shihab dinyatakan lulus, lengkap dengan predikat [[Cum Laude]].<ref name=":5">{{Cite news|url=http://news.okezone.com/read/2017/03/01/65/1631415/wiih-habib-rizieq-kuliah-lulus-cumlaude-di-kampus-top-arab-saudi|title=Wiih, Habib Rizieq Kuliah & Lulus Cumlaude di Kampus Top Arab Saudi|last=Wurinanda|first=Iradhatie|date=2017-03-01|work=[[Okezone.com]]|language=id|access-date=2017-06-28|via=}}</ref>
Habib Rizieq Shihab sempat mengambil program [[pascasarjana]] di [[Universitas Islam Internasional Malaysia]] selama satu tahun, setelah itu ia kembali ke Indonesia sebelum [[magister]]nya selesai karena alasan biaya. Setelah beberapa tahun, akhirnya ia mampu melanjutkan pendidikannya di bidang [[Syari'ah]] dan meraih gelar ''[[:en:Master of Arts|Master of Arts]]'' (M.A.) pada tahun 2008 di [[Universitas Malaya]]<ref>{{Cite web|url=https://www.arrahmah.com/2008/07/04/habib-rizieq-si-goen-ingin-menggurui-saya-dan-abubakar-baasyir-tentang-iman/|title=Habib Rizieq: Si Goen ingin “Menggurui” Saya dan Abu Bakar Ba’asyir tentang Iman|last=Hidayatullah|first=|date=2008-07-04|website=www.arrahmah.com|publisher=|language=en-US|access-date=2017-06-29|archive-date=2020-08-09|archive-url=https://web.archive.org/web/20200809164420/https://www.arrahmah.com/2008/07/04/habib-rizieq-si-goen-ingin-menggurui-saya-dan-abubakar-baasyir-tentang-iman/|dead-url=yes}}</ref> dengan [[tesis]] berjudul ''"Pengaruh Pancasila Terhadap Pelaksanaan Syariat Islam di Indonesia"''.<ref>{{cite thesis|last=bin Husein Shihab|first=Al-Habib Muhammad Rizieq|date=2012|title=Pengaruh Pancasila Terhadap Penerapan Syariah Islam di Indonesia|type=Master thesis|chapter=|publisher=[[Universitas Malaya]]|docket=|oclc=|url=https://issuu.com/yusufmaulana/docs/tesis_habib_rizq|access-date=2017-06-29}}</ref>
Pada tahun 2012, Habib Rizieq Shihab kembali ke [[Malaysia]] dan melanjutkan program pendidikan [[doktor]] dalam program Dakwah dan Manajemen di Fakultas Kepemimpinan dan Pengurusan [[:ms:Universiti Sains Islam Malaysia|Universitas Sains Islam Malaysia]] (USIM).<ref>{{Cite news|url=http://www.en.netralnews.com/news/opinion/read/5578/rizieq.shihab.becomes.doctoral.candidate.at.university.of.islamic.science.malaysia|title=Netralnews.com - Rizieq Shihab Becomes Doctoral Candidate at University of Islamic Science Malaysia|last=Netralnews.Com|newspaper=netralnews.com|language=en|access-date=2017-06-28|archive-date=2017-05-13|archive-url=https://web.archive.org/web/20170513102651/http://www.en.netralnews.com/news/opinion/read/5578/rizieq.shihab.becomes.doctoral.candidate.at.university.of.islamic.science.malaysia|dead-url=yes}}</ref> Saat ini ia sedang menyelesaikan disertasinya yang berjudul ''"مناهج التميز بين الأصول والفروع عند أهل السنة والجماعة"'' (''Perbedaan Asal dan Cabang Ahlussunah Wal Jama'ah'') di bawah pengawasan Prof. Dr. Kamaluddin Nurdin Marjuni dan Dr. Ahmed Abdul Malek dari [[Nigeria]].<ref>{{Cite news|url=https://www.merdeka.com/peristiwa/habib-rizieq-sedang-di-malaysia-selesaikan-kuliah-doktor.html|title=Habib Rizieq sedang di Malaysia, selesaikan kuliah Doktor|last=Fadillah|first=Ramadhian|date=2017-05-11|work=[[Merdeka.com]]|language=id|access-date=2017-06-28|via=|editor-last=Fadillah|editor-first=Ramadhian}}</ref><ref>{{Cite news|url=http://www.en.netralnews.com/news/opinion/read/5578/rizieq.shihab.becomes.doctoral.candidate.at.university.of.islamic.science.malaysia|title=Rizieq Shihab Becomes Doctoral Candidate at University of Islamic Science Malaysia|date=11 May 2017|work=Netralnews|access-date=15 May 2017|archive-date=2017-05-13|archive-url=https://web.archive.org/web/20170513102651/http://www.en.netralnews.com/news/opinion/read/5578/rizieq.shihab.becomes.doctoral.candidate.at.university.of.islamic.science.malaysia|dead-url=yes}}</ref> Rizieq menyelesaikan dan meraih gelar doktor pada 15 April 2021 saat masih mendekam di penjara.<ref>{{Cite news|date=2021-04-16|title=Rizieq Shihab Raih Gelar Doktor, Kuasa Hukum: Dia Kritik Aksi Terorisme dalam Disertasinya|url=https://megapolitan.kompas.com/read/2021/04/16/14291161/rizieq-shihab-raih-gelar-doktor-kuasa-hukum-dia-kritik-aksi-terorisme|access-date=2021-05-10|work=[[Kompas.com]]|language=id|editor-last=Sari|editor-first=Nursita|first=Nirmala Maulana|last=Achmad}}</ref>
