Ketika tenaganya mulai hilang, Erasmus memutuskan untuk menerima undangan [[Maria dari HongariaHungaria (gubernur Belanda)|Ratu Maria dari HongariaHungaria]] untuk pindah dari Freiburg ke [[Kadipaten Brabant|Brabant]]. Namun, ketika bersiap untuk pindah pada tahun 1536, ia tiba-tiba meninggal dunia karena penyakit [[disentri]] saat berkunjung ke [[Basel]].<ref>{{en}} {{CathEncy|wstitle=Desiderius Erasmus}}</ref> Ia tetap setiap kepada otoritas kepausan di [[Roma]], namun ia tidak berkesempatan menerima [[ritus terakhir]] Gereja Katolik, yaitu [[viaticum]]; dan tidak jelas apakah ia meminta kehadiran seorang imam atau tidak karena tidak disebutkan dalam laporan kemangkatannya. Menurut Jan van Herwaarden, hal ini selaras dengan pandangannya bahwa tanda-tanda lahiriah tidak penting; yang penting adalah hubungan langsung orang beriman dengan Allah, yang ia tulis "sebagaimana yang Gereja [Katolik] yakini". Bagaimanapun, Herwaarden mengamati bahwa "ia bukannya menyingkirkan begitu saja ritus-ritus dan sakramen-sakramen tetapi menegaskan bahwa orang yang sekarat dapat saja meraih keadaan [[Keselamatan (agama)|keselamatan]] tanpa ritus-ritus yang dilayankan oleh imam, asalkan [[iman dalam Kekristenan|iman]] dan roh mereka dalam keselarasan dengan Allah."<ref>{{en}} {{citation |author=Jan Van Herwaarden |title=Between Saint James and Erasmus: Studies in Late Medieval Religious Life |location=Leiden |publisher=BRILL |year=2003 |pages=529-530 |isbn=9789004129849}}</ref> Ia dimakamkan dengan upacara besar-besaran di [[Basel Minster]] (bekas [[katedral]]) di sana.<ref name="Church 1924"/>
Kata-kata terakhir Erasmus menjelang wafat, sebagaimana dicatat oleh [[Beatus Rhenanus]] temannya, sepertinya "''Allah Yang Terkasih''" ({{lang-nl|Lieve God}}).<ref>{{nl}} Huizinga, Dutch edition, p. 202.</ref> Sebuah patung dirinya yang terbuat dari perunggu didirikan di kota kelahirannya pada tahun 1622, menggantikan karya sebelumnya yang terbuat dari batu.
