Nama Vukovar berarti 'kota di tepi Sungai Vuka' (Vuko dari nama Sungai Vuka, dan ''vár'' dari [[bahasa HongariaHungaria]] yang bermakna 'benteng'). Sungai itu disebut "Ulca" pada zaman kuno, mungkin berakar dari bahasa Iliria. Cerita rakyat mengaitkan nama ''Vuka'' dengan kata "vuk", yang berarti "serigala". Dalam [[bahasa Jerman]], kota ini dikenal sebagai ''Wukowar'' dan dalam bahasa HongariaHungaria sebagai ''Vukovár'' atau ''Valkóvár''. Pada akhir abad ke-17, nama kuno Vukovo digantikan oleh Vukovár yang berasal dari bahasa HongariaHungaria.<ref>Treasures of Yugoslavia, p.249.</ref>
