Ada beberapa pendapat mengenai nama asli Isa. Sebagian menyatakan bahwa nama IbraniYesus {{lang|he|ישע|rtl=yes}} ''Yesyua‘'' atau ''Y'syua‘'' merupakan nama asli Isa. Nama ini disebut merupakan kependekan dari {{lang|he|יהושע}} ''Yehosyua‘''.<ref name="newadvent.org">{{cite web|url=http://www.newadvent.org/cathen/08374x.htm|title=CATHOLIC ENCYCLOPEDIA: The Name of Jesus Christ|publisher=}}</ref> [[Klemens dari Aleksandria]] dan [[Sirilus dari Yerusalem]] berpendapat bahwa nama Yunani {{lang|grc|Ἰησοῦς}} ''Iēsous'' merupakan nama asli Isa dan nama ini bukan turunan dari bentuk Ibraninya.<ref name="newadvent.org"/> Pendapat lain menyatakan bahwa nama asli Isa menggunakan nama Aram {{lang|arc|ܝܫܘܥ}}, dibaca ''Yesyu‘'' dalam dialek Suryani Barat atau ''Isyo‘'' dalam dialek Suryani Timur,<ref name="Jennings">[http://dukhrana.com/lexicon/word.php?adr=2:9575&font=Estrangelo+Edessa Jennings]</ref><ref>The Encyclopaedia Brittanica (1911), 11th Edition. Cambridge, England: University Press</ref> mengingat dia tumbuh dan berdakwah utamanya dengan bahasa Aram.<ref>{{Cite web|url=https://www.answering-christianity.com/name_of_jesus.htm|title=Name of Jesus|last=Juferi|first=Mohd Elfie Nieshaem|date=|website=Answering Christianity|access-date=30 Juli 2020}}</ref> Nama Yesus yang digunakan umat Kristen diturunkan dari nama Yunani ''Iēsous''. Umat Kristen Arab menyebut Isa dengan {{lang|ar|يسوع}} ''Yasū‘'' yang diturunkan dari ''Yesyua‘'' dengan perubahan [[fonetik]].{{sfn|Reynolds|2007|pp=235}}<ref name="LewisPellat1998">{{citation|last=Anawati|first=G. C.|editor-last=Lewis|editor-first=B.|editor2-last=Pellat|editor2-first=C.|editor-last3=Vandonzel|editor-first3=E.|contribution=ʿIsā|title=Encyclopaedia of Islam|contribution-url=http://referenceworks.brillonline.com/entries/encyclopaedia-of-islam-2/isa-COM_0378?s.num=0&s.q=isa|volume=4|date=May 1998|publisher=Brill Academic Pub|isbn=978-90-04-05745-6|page=81}}</ref> ''Yasū‘'' digunakan sejak sebelum masa [[Islam]] dan dan tetap digunakan pada masa-masa setelahnya.{{sfn|Beaumont|2005|p=175}}<ref>{{cite book|last1=Jeffery|last2=Böwering|last3=McAuliffe|first1=Arthur|first2=Gerhard|first3=Jane|title=The Foreign Vocabulary of the Quran|year=2008|publisher=Woods Press|isbn=978-1-4437-2149-3|pages=220|url=https://books.google.com/books?id=YTg4bdQSeLQC}}</ref>
Asal-muasal nama Isa yang digunakan dalam Al-Qur'an masih belum sepenuhnya terpecahkan dan ada beberapa pendapat terkait hal ini.