Jalur pelayaran utama tersebut melintasi ALKI (Alur Laut Kepulauan Indonesia), yang terdiri atas:
1. ALKI I melintasi Selat Sunda – Selat Karimata – Laut Natuna – Laut Cina Selatan.
2. ALKI II melintasi Selat Lombok – Selat Makassar – Laut Sulawesi.
3. ALKI III A melintasi Laut Sawu – Selat Ombai – Laut Banda – Laut Seram – Laut Maluku – Samudera Pasifik.
4. ALKI III B melintasi Laut Timor – Selat Leti – Laut Banda – Laut Seram – Laut Maluku – Samudera Pasifik.
5. ALKI III C melintasi Laut Arafuru – Laut Banda – Laut Seram – Laut Maluku – Samudera Pasifik.
6. ALKI III D melintasi Laut Sawu – Samudera Hindia.
7. ALKI III E melintasi Laut Maluku, Laut Seram, Laut Banda, Selat Ombai, Laut Sawu, Samudera Hindia.
SUmber : Peta Kepulauan Indonesia dan Sekitarnya. Kawasan Barat. Sekala 1 : 4.000.000. Sumber : PUSHIDROSAL . Pusat Hidro-Oseanografi TNI Angkatan Laut. Hydrographic and Oceanographic Center, Indonesian Navy.2005
