Pada April 2012, dua rangkaian (M1 dan M2) pertama secara resmi ditarik dari perjalanan kereta api. Armada yang tersisa ditarik dari layanan sejak revisi jadwal per 29 September 2012.
Layanan khusus untuk mengenang layanan Shinkansen E1 diberi nama sebagai ''Terima kasih Max Asahi'' (ありがとうＭａｘあさひ号, ''Arigatō Max Asahi-gō'') yang dijalankan dari Niigata ke Tokyo pada 27 Oktober 2012 menggunakan satu rangkaian seri E1, diikuti dengan perjalanan terakhir dari Tokyo ke Niigata pada 28 Oktober 2012 menggunakan set M4.<ref name="jreast20120912">{{cite web|date=12 September 2012|url=http://shinkansen-year2012.com/pdf/20120912_shinkansen_niigata.pdf|publisher=East Japan Railway Company, Niigata Division|location=Japan|language=ja|script-title=ja:おかげさまで上越新幹線開業３０周年|trans-title=Joetsu Shinkansen 30th Anniversary Celebrations|archive-url=https://web.archive.org/web/20120920041820/http://shinkansen-year2012.com/pdf/20120912_shinkansen_niigata.pdf|archive-date=20 September 2012|access-date=15 September 2012|url-status=dead|df=dmy}}</ref><ref name="railfan20121029">{{cite web|date=29 October 2012|url=http://railf.jp/news/2012/10/29/123000.html|work=Japan Railfan Magazine Online|publisher=Koyusha Co., Ltd.|location=Japan|language=ja|script-title=ja: E1系，営業運転から引退|trans-title=E1 series withdrawn from revenue service|access-date=29 October 2012}}</ref>
