Pada 23 April 2022, [[Persija Jakarta]] mengumumkan Thomas sebagai pelatih baru mereka.<ref>{{Cite news |url=https://bola.tempo.co/read/1585046/persija-jakarta-resmi-tunjuk-thomas-doll-sebagai-pelatih-baru/full&view=ok |title=Persija Jakarta Resmi Tunjuk Thomas Doll sebagai Pelatih Baru |work=[[Tempo.co]] |date=23 April 2022 |access-date=23 April 2022 |first=Arkhelaus Wisnu |last=Triyogo |language=id }}{{Pranala mati|date=Januari 2023 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref> Pada musim perdananya, Thomas sering menggunakan pemain muda dalam skuat mereka. Dia mendatangkan beberapa pemain liga Eropa seperti [[Hanno Behrens]] dari [[Hansa Rostock]] dan [[Michael Krmenčík]] dan [[Ondřej Kúdela]] dari [[Slavia Praha]], juga pemain asal Bahrain, [[Abdulla Yusuf Helal|Yusuf Helal]] dari [[FC Slovan Liberec|Slovan Liberec]].
==Kontroversi==
Hubungan Thomas dengan pelatih [[Tim nasional sepak bola Indonesia|tim nasional Indonesia]], [[Shin Tae-yong]], memanas. Thomas sebelumnya menolak pemanggilan 9 pemainnya<ref>{{cite news |title=Daftar 9 Pemain Persija Jakarta yang Dipanggil ke Timnas Indonesia U-20|url=https://www.bola.net/tim_nasional/daftar-9-pemain-persija-jakarta-yang-dipanggil-ke-timnas-indonesia-u-20-dba749.html|publisher=bola.net|date=30 Januari 2023|acces-date=11 Februari 2023}}</ref> untuk bergabung ke ''training camp'' tim nasional.<ref>{{cite news |title=Keras, Thomas Doll Semprot Shin Tae-yong soal Pemanggilan 9 Pemain Persija ke Timnas U-20 Indonesia|url=https://www.bolasport.com/read/313678743/keras-thomas-doll-semprot-shin-tae-yong-soal-pemanggilan-9-pemain-persija-ke-timnas-u-20-indonesia|publisher=bolasport.com|date=2 Februari 2023|access-date=11 Februari 2023|language=id}}</ref> ''Training camp'' tersebut dimaksudkan untuk mempersiapkan tim dalam menjalani [[Piala Asia U-20 AFC 2023]] di Uzbekistan pada bulan Maret. Bahkan, pada suatu konferensi pers, Thomas menyebut Shin Tae-yong seperti badut karena menjadi bintang iklan televisi.<ref>{{cite news |title=Thomas Doll Serang Shin Tae-yong Lagi: Dia Seperti Badut karena Jadi Bintang Iklan, Bukan Kayak Pelatih Timnas Indonesia|url=https://www.bola.com/indonesia/read/5204532/thomas-doll-serang-shin-tae-yong-lagi-dia-seperti-badut-karena-jadi-bintang-iklan-bukan-kayak-pelatih-timnas-indonesia|publisher=bola.com|date=11 Februari 2023|access-date=11 Februari 2023|language=id}}</ref>
