[[Berkas:Malang Station.jpg|jmpl|316x316px|[[Stasiun Malang|Stasiun Malang Kota Baru]]]]
Kota Malang dilalui jalur kereta api lintas tengah Jawa (via Purwokerto–Yogyakarta) meliputi kereta api {{kereta api|Gajayana}} (relasi {{sta|Gambir}}–{{sta|Malang}}), {{kereta api|Kertanegara}} dan {{kereta api|Malioboro Ekspres}} (relasi {{sta|Purwokerto}}–Malang), lintas utara Jawa (via Surabaya–Semarang dan Surakarta–Semarang) yakni kereta api {{kereta api|Brawijaya}} (relasi Gambir–Malang), {{kereta api|Jayabaya}}, {{kereta api|Majapahit}}, dan {{kereta api|Matarmaja}} (relasi {{sta|Pasar Senen}}–Malang), danserta lintas selatan Jawa (via Yogyakarta–Tasikmalaya) seperti kereta api {{kereta api|Malabar}} (relasi {{sta|Bandung}}–Malang). Untuk jalur kereta api yang melalui Surabaya-Malang-Blitar-Kediri-Kertosono adalah kereta api lokal Commuter Line [[Kereta api Commuter Line Dhoho dan Penataran|Penataran]] dan [[Kereta api lokal di Jawa Timur#Tumapel|Tumapel]] dengan relasi {{sta|Surabaya Kota}}–{{sta|Blitar}} dan Surabaya Kota–{{sta|Malang}} dan kereta api antarkota lainnya seperti {{kereta api|Arjuno Ekspres}} (relasi {{sta|Surabaya Gubeng}}–Malang) dan {{kereta api|Tawang Alun}} (relasi {{sta|Malang Kotalama}}–{{sta|Ketapang||Banyuwangi}}). Stasiun utama adalah [[Stasiun Malang]] (Kotabaru) (+444 M). 2 Stasiun lainnya adalah [[Stasiun Malang Kotalama]] (+429 M) dan [[Stasiun Blimbing (Jawa Timur)|Stasiun Blimbing]] (+460 M).