Kehalalan produk Mixue di Indonesia dijamin setelah [[LPPOM MUI]] mengeluarkan ketetapan halal bahan baku dan kesucian proses produksi pada Februari 2023.<ref name=":5" /><ref name=":6" />
Sebelumnya, masyarakat Indonesia mempertanyakan belum adanya sertifikasi halal dalam produk yang dijual Mixue.<ref>{{Cite web|last=Liputan6.com|date=2022-12-29|title=Sudah Buka di Banyak Tempat, Mengapa Mixue Indonesia Belum Tersertifikasi Halal?|url=https://www.liputan6.com/lifestyle/read/5166299/sudah-buka-di-banyak-tempat-mengapa-mixue-indonesia-belum-tersertifikasi-halal|website=liputan6.com|language=id|access-date=2022-12-29}}</ref> Menurut PT Zhisheng Pacific Trading yang membawa Mixue ke Indonesia, sejak tahun 2021 Mixue mengupayakan proses sertifikasi halal agar konsumen tidak khawatir dalam membeli produk ini. Namun, prosesnya terkendala oleh tahapan konsultasi halal yang harus dilaksanakan terlebih dahulu di negara asal dikarenakandisebabkan 90% bahan bakunya merupakan hasil impor, sumber bahan baku yang tidak terpusat seluruhnya di satu wilayah, serta [[pandemi COVID-19 di Tiongkok daratan|pandemi Covid-19]] dan [[karantina wilayah]] di Tiongkok menyebabkan terhambatnya proses pengurusan.<ref>{{Cite web|title=MIXUE INDONESIA di Instagram|url=https://www.instagram.com/p/CggwfpohIm2/|website=Instagram|language=id|access-date=2022-12-29}}</ref><ref>{{Cite web|title=Es Krim Mixue Indonesia Belum Bersertifikasi Halal, Ini Penjelasan Manajemen|url=https://kumparan.com/kumparanbisnis/es-krim-mixue-indonesia-belum-bersertifikasi-halal-ini-penjelasan-manajemen-1zX1FTwtVpI|website=kumparan|language=id-ID|access-date=2022-12-29}}</ref> Menanggapi hal tersebut, [[Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal]] [[Kementerian Agama Republik Indonesia|Kementerian Agama RI]] meminta Mixue tidak boleh memasang logo halal sebelum sertifikat halal diterbitkan.<ref>{{Cite web|last=Rahayu|first=Lisye Sri|title=Kemenag: Belum Punya Sertifikat, Mixue Jangan Pasang Logo Halal!|url=https://news.detik.com/berita/d-6494922/kemenag-belum-punya-sertifikat-mixue-jangan-pasang-logo-halal|website=detiknews|language=id-ID|access-date=2023-01-02}}</ref><ref>{{Cite web|last=antaranews.com|date=2023-01-02|title=Kemenag: Mixue belum bersertifikat halal, tak boleh pasang logo halal|url=https://www.antaranews.com/berita/3332982/kemenag-mixue-belum-bersertifikat-halal-tak-boleh-pasang-logo-halal|website=Antara News|access-date=2023-01-02}}</ref>
