Anderson punya ketertarikan pada politik Asia dan kemudian mendaftar di program pascasarjana Studi Indonesia [[Universitas Cornell]]. Ia menempuh studi doktoral di bawah bimbingan [[George McTurnan Kahin|George Kahin]] dan Claire Holt. Ia juga bekerja paruh waktu sebagai asisten pengajar di Departemen Politik. Sebagai bagian dari riset doktoralnya, ia pergi ke JakartaIndonesia padauntuk melakukan riset selama 3 tahun (1961-1964). Ia meraih gelar Ph.D dalam pemerintahan pada 1967<ref name=":1" /><ref>{{Cite web|title=Benedict Anderson {{!}} Irish Political Scientist & Imagined Communities {{!}} Britannica|url=https://www.britannica.com/biography/Benedict-Anderson|website=www.britannica.com|language=en|access-date=2023-08-01}}</ref> Setelah [[Gerakan 30 September|G30S]], Anderson menerbitkan 3 publikasi terkait peristiwa tersebut. Anderson dan koleganya di Cornell menerbitkan publikasi anonim yang dikenal sebagai "Cornell Paper" pada 1966 yang berargumen bahwa peristiwa G30S dibuat oleh elit militer, bukan Partai Komunis Indonesia, dan mempertanyakan legitimasi pemerintahan Orde Baru. Analisis dan pandangan-pandangannya yang kritis menyebabkan selama bertahun-tahun Anderson dilarang masuk ke Indonesia oleh pemerintahan [[Orde Baru]] di bawah Presiden [[Soeharto]]. Baru setelah Soeharto lengser, Anderson dapat kembali lagi berkunjung ke Indonesia.<ref name=":0" /><ref name=":1" />
Setelah dicekal Indonesia, Anderson tinggal selama beberapa tahun di Thailand. Lalu, ia mengajar di Universitas Cornell; ia menjabat sebagai direktur ''Modern Indonesia Program'' dan profesor emeritus ''International Studies''. Andeson menerbitkan buku ''Imagined Communities'' pada 1983 yang menjadi rujukan utama bagi studi nasionalisme sehingga ia dikenal sebagai salah satu penstudi nasionalisme terkemuka.<ref name=":1" />
