Pada 7 Februari 2006 dibawahdi bawah pemerintahan [[Susilo Bambang Yudhoyono|Presiden Susilo Bambang Yudhoyono]], dirinya divonis hukuman 5 tahun penjara oleh [[Pengadilan Negeri Jakarta Pusat]] karena dinyatakan terbukti melakukan [[korupsi]] dana Biaya Penyelenggaraan Ibadah Haji (BPIH) dan [[Dana Abadi Umat]] (DAU) pada tahun 2002-2004. Penyelewengan BPIH mencapai Rp. 35,7 miliar, sedangkan DAU yang diselewengkan berjumlah Rp 240,22 miliar.<ref>{{id}} [http://kompas.com/kompas-cetak/0602/08/utama/2421450.htm "Divonis Lima Tahun, Said Agil Banding"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20060309143410/http://kompas.com/kompas-cetak/0602/08/utama/2421450.htm |date=2006-03-09 }}, ''[[KOMPAS]]'', 8 Februari 2006</ref> Said Agil Husin Al Munawar menyangkal semua tuduhan atas dirinya sebagai [[fitnah]] dan intrik politik namun pengadilan tetap memutuskan dirinya inkrah sebagai terdakwa yang bersalah. Sebagian besar pengamat politik berpendapat bahwa apa yang menimpa dirinya adalah kosekwensi sebagai loyalis [[99 Wanita Paling Berpengaruh di Indonesia (2007)|Presiden Megawati Soekarnoputri]] yang disaat itu menjadi musuh dari tokoh-tokoh Arab yang berpihak pada [[Daftar presiden Indonesia|presiden ke-enam]] Susilo Bambang Yudhoyono dan menganggap Said Agil Husin Al Munawar sebagai pengkhianat akibat menerima jabatan dalam [[Kabinet Gotong Royong]] yang [[Soekarno|Soekarnois]], kontra [[Orde Baru]] dan [[Oposisi (politik)|Oposisi Utama]] Rezim Susilo Bambang Yudoyono.
