Saifuddin merupakan keturunan dari [[Suku Batak Mandailing|Batak Mandailing]] di [[SumatraSumatera Utara]], [[Indonesia]]. Hal ini diperkuat terkait pemberian marga [[Nasution]] pada namanya. Ayahnya, Ismail Nasution bin Kulong Harun Nasution berasal dari Kampung Ujung Lombang, [[Langga Payung, Sungai Kanan, Labuhanbatu Selatan|Langga Payung]] yang berpindah dan bermukim ke [[Singapura di bawah pemerintahan Malaysia|Singapura]] sekitar tahun 1950-an, sebelum akhirnya berpindah ke [[Kedah]], [[Malaysia]].<ref>{{Cite web|date=2018-12-18|title=Saifuddin Nasution, satu-satunya menteri Malaysia yang menyandang marga Mandailing|url=https://www.bbc.com/indonesia/majalah-46595604|access-date=2022-12-05|newspaper=BBC Indonesia|language=id}}</ref>
