Perusahaan ini didirikan oleh [[Pelindo I]], [[Pelindo II]], [[Pelindo III]], dan [[Pelindo IV]] pada tahun 2012 dengan nama '''PT Terminal Petikemas Indonesia'''. Pada tahun 2014, perusahaan ini mulai beroperasi. Pada tahun 2021, pemerintah menggabungkan Pelindo I, Pelindo III, dan Pelindo IV ke dalam Pelindo II sebagai bagian dari upaya untuk menyatukan pengelolaan pelabuhan di Indonesia,<ref name="merger">{{Cite web|url=https://jdih.setkab.go.id/puu/buka_puu/176535/Salinan_PP_Nomor_101_Tahun_2021.pdf|title=Peraturan Pemerintah nomor 101 tahun 2021|publisher=Sekretariat Kabinet Republik Indonesia|language=id|access-date=4 Oktober 2021}}</ref> sehingga nama Pelindo II kemudian diubah menjadi Pelindo. Nama perusahaan ini lalu juga diubah menjadi seperti sekarang dan ditunjuk sebagai [[perusahaan induk|induk]] subholding di internal Pelindo yang bergerak di bidang pengelolaan terminal peti kemas.<ref name="annual"/><ref name="profil">{{Cite web|url=https://www.pelindotpk.co.id/id/vision-mission|title=Sekilas Perusahaan|publisher=PT Pelindo Terminal Petikemas|language=id|access-date=10 September 2023}}</ref>
