Ma'ruf terlibat dalam bagian dari kontroversi seputar [[Pemilihan umum Gubernur DKI Jakarta 2017|pemilihan gubernur Jakarta]] pada tahun 2017. Gubernur Jakarta saat itu [[Basuki Tjahaja Purnama]], yang dikenal sebagai "Ahok", menjadi sasaran dari [[Aksi 4 November|banyak protes di Jakarta]] pada bulan November 2016. Sebagai tanggapan, Ahok menuduh bahwa Ma'ruf telah memihak dalam pemilihan karena melakukan panggilan telepon dengan [[Presiden Indonesia|Presiden Indonesia keenam]] [[Susilo Bambang Yudhoyono]], di mana anaknya [[Agus Harimurti Yudhoyono]] maju melawan Ahok dalam pemilihan.<ref>{{cite news |last1=McBeth |first1=John |title=Jakarta heads for run-off as election tests Indonesia’s religious tolerance |url=http://www.thenational.ae/world/southeast-asia/jakarta-heads-for-run-off-as-election-tests-indonesias-religious-tolerance |accessdate=16 Februari 2017 |work=[[The National (Abu Dhabi)|The National]] |date=15 Februari 2017 |language=en |archive-date=2017-02-16 |archive-url=https://web.archive.org/web/20170216084540/http://www.thenational.ae/world/southeast-asia/jakarta-heads-for-run-off-as-election-tests-indonesias-religious-tolerance |dead-url=no }}</ref><ref>Marguerite Afra Sapiie, Haeril Halim and Margareth S. Aritonang, [http://www.thejakartapost.com/news/2017/02/16/palace-calls-on-sby-to-leave-jokowi-out-of-antasari-spat.html Palace calls on SBY to leave Jokowi out of Antasari spat] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20170216015403/http://www.thejakartapost.com/news/2017/02/16/palace-calls-on-sby-to-leave-jokowi-out-of-antasari-spat.html |date=2017-02-16 }}. Jakarta Post, 16 February 2017. Accessed 16 February 2017.</ref><ref>{{Cite news |last1= |first1= |title=Nahdlatul Ulama supports Ma`ruf Amin in dispute with Ahok: PKB |url=http://www.antaranews.com/en/news/109216/nahdlatul-ulama-supports-maruf-amin-in-dispute-with-ahok-pkb |accessdate=16 Februari 2017 |work=[[Lembaga Kantor Berita Nasional Antara|ANTARA News]] |date=2 Februari 2017 |language=en |editor-last=Purwanto |editor-first=Heru |archive-date=2017-02-16 |archive-url=https://web.archive.org/web/20170216141732/http://www.antaranews.com/en/news/109216/nahdlatul-ulama-supports-maruf-amin-in-dispute-with-ahok-pkb |dead-url=no }}</ref> Ahok kemudian meminta maaf kepada Ma'ruf melalui media sosial atas implikasi bahwa Ma'ruf telah dipengaruhi oleh tekanan politik.<ref>{{cite news |last1=Charmila |first1=Winda A. |title=Ahok apologizes to MUI chairman Ma’ruf Amin |url=http://www.thejakartapost.com/news/2017/02/01/ahok-apologizes-to-mui-chairman-maruf-amin.html |accessdate=16 Februari 2017 |work=[[Jakarta Post]] |date=1 Februari 2017 |language=en |archive-date=2017-02-16 |archive-url=https://web.archive.org/web/20170216134125/http://www.thejakartapost.com/news/2017/02/01/ahok-apologizes-to-mui-chairman-maruf-amin.html |dead-url=no }}</ref><ref>{{Cite news |title=Ahok Apologizes to Ma`ruf Amin Through Mass Media |url=https://en.tempo.co/read/news/2017/02/06/055843418/Ahok-Apologizes-to-Maruf-Amin-Through-Mass-Media |accessdate=16 Februari 2017 |work=[[Tempo.co]] |date=6 Februari 2017 |language=id |first=Winda A. |last=Charmila |archive-date=2017-02-16 |archive-url=https://web.archive.org/web/20170216134712/https://en.tempo.co/read/news/2017/02/06/055843418/Ahok-Apologizes-to-Maruf-Amin-Through-Mass-Media |dead-url=no }}</ref>
Ma'ruf menerima permintaan maaf Ahok, dengan mengatakan bahwa masalah itu telah diselesaikan.<ref>[https://en.tempo.co/read/news/2017/02/03/055842538/MUI-Chairman-Maruf-Amin-Accepts-Ahoks-Apology MUI Chairman Ma`ruf Amin Accepts Ahok`s Apology] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20170216131358/https://en.tempo.co/read/news/2017/02/03/055842538/MUI-Chairman-Maruf-Amin-Accepts-Ahoks-Apology |date=2017-02-16 }}. Tempo, 3 February 2017. Accessed 16 February 2017.</ref> Terlepas dari kesediaan Ma'ruf untuk membiarkan masalah ini beristirahat, sebuah organisasi yang dikenal sebagai Pengusaha Indonesia Muda melaporkan Ahok ke [[Badan Reserse Kriminal Kepolisian Negara Republik Indonesia|Bareskrim Mabes]] [[Polri]] karena diduga telah melecehkan Ma'ruf dan menyadap percakapan teleponnya dengan mantan Presiden Yudhoyono<ref>[http://www.en.netralnews.com/news/currentnews/read/1176/considered.having.insulted.ma...ruf.amin..ahok.reported.to.bareskrim Considered Having Insulted Ma’ruf Amin, Ahok Reported to Bareskrim] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20170216125750/http://www.en.netralnews.com/news/currentnews/read/1176/considered.having.insulted.ma...ruf.amin..ahok.reported.to.bareskrim |date=2017-02-16 }}. Netral News, 6 February 2017. Accessed 16 February 2017.</ref> meskipun penolakan sebelumnya oleh tim kuasa hukum Ahok dari tuduhan yang terakhir.<ref>Erwin C. Sihombing, [http://jakartaglobe.id/news/dont-yudhoyono-maruf-phone-call-transcript-says-ahoks-lawyer/ 'We Don't Have Yudhoyono-Ma'ruf Phone Call Transcript,' Says Ahok's Lawyer] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20170216135753/http://jakartaglobe.id/news/dont-yudhoyono-maruf-phone-call-transcript-says-ahoks-lawyer/ |date=2017-02-16 }}. [[Jakarta Globe]], 2 February 2017. Accessed 16 February 2017.</ref>▼
▲Ma'ruf menerima permintaan maaf Ahok, dengan mengatakan bahwa masalah itu telah diselesaikan.<ref>[https://en.tempo.co/read/news/2017/02/03/055842538/MUI-Chairman-Maruf-Amin-Accepts-Ahoks-Apology MUI Chairman Ma`ruf Amin Accepts Ahok`s Apology] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20170216131358/https://en.tempo.co/read/news/2017/02/03/055842538/MUI-Chairman-Maruf-Amin-Accepts-Ahoks-Apology |date=2017-02-16 }}. Tempo, 3 February 2017. Accessed 16 February 2017.</ref> Terlepas dari kesediaan Ma'ruf untuk membiarkan masalah ini beristirahat, sebuah organisasi yang dikenal sebagai Pengusaha Indonesia Muda melaporkan Ahok ke [[Badan Reserse Kriminal Kepolisian Negara Republik Indonesia|Bareskrim Mabes]] [[Polri]] karena diduga telah melecehkan Ma'ruf dan menyadap percakapan teleponnya dengan mantan Presiden Yudhoyono<ref>[http://www.en.netralnews.com/news/currentnews/read/1176/considered.having.insulted.ma...ruf.amin..ahok.reported.to.bareskrim Considered Having Insulted Ma’ruf Amin, Ahok Reported to Bareskrim] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20170216125750/http://www.en.netralnews.com/news/currentnews/read/1176/considered.having.insulted.ma...ruf.amin..ahok.reported.to.bareskrim |date=2017-02-16 }}. Netral News, 6 February 2017. Accessed 16 February 2017.</ref> meskipun penolakan sebelumnya oleh tim kuasa hukum Ahok dari tuduhan yang terakhir.<ref>Erwin C. Sihombing, [http://jakartaglobe.id/news/dont-yudhoyono-maruf-phone-call-transcript-says-ahoks-lawyer/ 'We Don't Have Yudhoyono-Ma'ruf Phone Call Transcript,' Says Ahok's Lawyer] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20170216135753/http://jakartaglobe.id/news/dont-yudhoyono-maruf-phone-call-transcript-says-ahoks-lawyer/ |date=2017-02-16 }}. [[Jakarta Globe]], 2 February 2017. Accessed 16 February 2017.</ref>
Dalam sebuah wawancara terpisah, yang dilakukan setelah Ma'ruf terpilih sebagai kandidat wakil presiden, ia menyatakan bahwa ia menyesal bersaksi melawan Ahok dan menambahkan bahwa ia "terpaksa" untuk melakukannya.<ref>{{cite news |title=Ma’ruf Amin says he regrets testifying against Ahok |url=https://www.thejakartapost.com/news/2019/01/06/maruf-amin-says-he-regrets-testifying-against-ahok.html |accessdate=18 Januari 2019 |work=[[The Jakarta Post]] |date=6 Januari 2019 |language=en |archive-date=2019-01-19 |archive-url=https://web.archive.org/web/20190119121643/https://www.thejakartapost.com/news/2019/01/06/maruf-amin-says-he-regrets-testifying-against-ahok.html |dead-url=no }}</ref>
