Ide penerbitan majalah ini berawal dari percakapandiskusi 3 pegawai penerbit ANDI – Martin Muslie, Xavier Quentin Pranata, dan Daniel Damaledo, di [[Kota Yogyakarta|Yogyakarta]] pada 1988 terkait minimnya media [[Kekristenan|Kristen]] lintas [[denominasi Kristen|denominasi]] yang berdiri netral tidak di bawah naungan gereja apa pun.<ref name="KrisantiumL"/><ref name=YuliantiRD>{{Cite thesis|last=Yulianti|first=Rosiana Dwi|degree=S1|date=2011|title=Kepuasan Mahasiswa Terhadap Berita Majalah Bahana|page=42|url=https://e-journal.uajy.ac.id/2366/|publisher=[[Universitas Atma Jaya Yogyakarta]]}}</ref>
Ide tersebutini ternyata disambut baik oleh J.H. Gondowijoyo, pemilik penerbit ANDI yang saat itu juga tengah prihatin dengan berbagai isu sosial di kalangan umat Kristen.<ref>{{Cite magazine|year=2021|title=Di Balik Layar Bahana|work=[[Bahana (majalah)|Bahana]] (Edisi Platinum)|page=4|url=https://books.google.com/books?id=V7a9EAAAQBAJ&pg=PA4}}</ref>
Sebuah [[studi kelayakan]] kemudian dilakukan dengan menyebarkan angket ke [[gereja]] dan persekutuan-persekutuan doa di [[Daerah Istimewa Yogyakarta|Yogyakarta]]. Dari sinilah didapati bahwa ide media lintas denominasi tersebut disokong luas.<ref name="YuliantiRD" />
Atas usulan Margaretha Setyo Wulan, dipilihlah nama "''Bahana"'' yang memiliki arti gema suara dan terang, sehingga diharapkan majalah tersebut dapat menyuarakan kebenaran serta memberi penerangan terhadap pembacanya.<ref name="KrisantiumL" />
Edisi perdana majalah ini pun akhirnya terbit pada 16 Juli 1989 dengan menurunkan laporan utama berjudul ''"Si Boy Masuk Gereja"'', mendompleng kepopuleran film [[Catatan Si Boy (film 1987)|Catatan Si Boy]].<ref>{{Cite news|date=23 Juli 2019|title=HUT 30 Tahun BAHANA, Gelar Seminar Mewartakan Kabar Baik di Era 4.0|url=https://ebahana.com/hot-news/hut-30-tahun-bahana-gelar-seminar-mewartakan-kabar-baik-di-era-4-0/|work=Bahana Online}}</ref> Dua edisi pertama majalah ini dipenuhi dengan topik-topik yang identik dengan kawula muda karena awalnya memang dirancang akan menjadisebagai media edukasi pelajar dan mahasiswa. MasukMemasuki edisi ketiga, format tersebut diubah denganuntuk menargetkanmenyasar pembaca dewasa dan keluarga.<ref name="KrisantiumL" /><ref name="YuliantiRD" />
Tahun-tahun awal majalah ini tidaklah mudah. Selain kendala eksternal terkait sirkulasi dan pelanggan, majalah ini juga menghadapi masalah keredaksian, terutama terkait materi tulisan, dan keuangan. Berbagai masalah tersebut sempat membuat majalah ini berencana untuk menghentikan terbitan pada paruh 1992.
Pada 4 April 2009, majalah ini resmi melancarkan situs web resminya di alamat {{URL|https://ebahana.com}} yang kelak diluncurkan ulang pada 16 Jui 2018.<ref>{{Cite news|date=16 Juli 2018|title=TODAY! WE'RE OFFICIALLY LAUNCHING|url=https://ebahana.com/hot-news/today-were-officially-launching/|work=Bahana Online}}</ref>
