Setelah berdinas di Irian Jaya, Soetopo memperoleh kenaikan pangkat menjadi kolonel. Ia kemudian diangkat menjadi asisten operasi pada [[Komando Daerah Militer V/Brawijaya|Komando Daerah Militer VIII/Brawijaya]] di [[Jawa Timur]]. Soetopo kemudian dipindahkan ke Sulawesi Selatan pada tanggal 8 JuliAgustus 1988 dan ditempatkan sebagai Komandan [[Komando Resor Militer 141]] yang bermarkas di [[Kabupaten Bone]].<ref name=":6">{{Cite journal|date=April 1992|title=Current Data on the Indonesian Military Elite: July 1, 1989 - January 1 1992|url=https://ecommons.cornell.edu/handle/1813/53981|journal=Indonesia|volume=53|pages=128}}</ref> Usai bertugas di Bone selama kurang lebih dua tahun, Soetopo dipindahkan ke [[Komando Resor Militer 074]] di [[Surakarta]] untuk menjabat sebagai komandan resor militer pada bulan Februari 1991. Selama memegang jabatan danrem di Surakarta, Soetopo memerintahkan pengerahan dua kompi tentara untuk mengamankan wilayah sekitar [[Waduk Kedungombo]] yang sebelumnya sempat dilanda tragedi [[Kasus Kedung Ombo]].<ref>{{cite news |last= |first= |date=27 April 1991|title=ABRI Saudara Kami |url=https://majalah.tempo.co/read/nasional/13822/abri-saudara-kami|work=Tempo|location= |access-date=}}</ref> Soetopo mengakhiri masa jabatannya sebagai danrem di Surakarta pada tanggal 6 November 1992.<ref>{{Cite journal|date=Oktober 1993|title=Current Data on the Indonesian Military Elite: January 1, 1992 - August 31, 1993|url=https://ecommons.cornell.edu/handle/1813/54014|journal=Indonesia|volume=56|pages=145}}</ref>
