Hadi Poernomo mengawali kariernya sebagai [[pegawai negeri sipil]] golongan II/a di [[Kementerian Keuangan Indonesia]] pada 19651963 ketika ia berusia 18 tahun.<ref name=Kado>[http://nasional.kompas.com/read/2014/04/21/1936108/.Kado.KPK.pada.Hari.Istimewa.Hadi.Poernomo "Kado" KPK pada Hari Istimewa Hadi Poernomo] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20210803233954/https://nasional.kompas.com/read/2014/04/21/1936108/.Kado.KPK.pada.Hari.Istimewa.Hadi.Poernomo |date=2021-08-03 }} Kompas, 21 April 2014</ref> Ia banyak menghabiskan kariernya di [[Direktorat Jenderal Pajak Kementerian Keuangan Indonesia|Ditjen Pajak]] sebagai Pelaksana Kantor Pelayanan Pajak Pratama Wilayah Jakarta Selatan tahun 19661964, menjadi [[Pemeriksa]] Kantor Pelayanan Pajak Pratama Wilayah Jakarta Barat tahun 19681966, Pelaksana dan Pemeriksa Pajak di Kantor Pelayanan Pajak Pratama dan Kanwil DJP Jakarta Barat tahun 19741970, Pemeriksa Pajak Fungsional di Direktorat Pemeriksaan dan Penagihan di Kantor Ditjen Pajak Jakarta tahun 19771973, Kepala Seksi PPN di Kantor Pelayanan Pajak Pratama Wilayah Samarinda tahun 19791976, Kepala Seksi Keberatan Kantor Pelayanan Pajak Pratama Wilayah Balikpapan tahun 19851982, Kepala Seksi Keberatan Kantor Pelayanan Pajak Pratama Wilayah Malang tahun 19871984. Pada tahun 19901987 ia menjabat Kepala Bidang Pemeriksaan, Penyidikan, Penagihan dan Intelijen Pajak di Kanwil DJP Jakarta Barat, duatiga tahun berikutnya yaitu pada tahun 1990 menjabat Kepala Kantor Pelayanan Pajak Pratama Wilayah Bekasi pada tahun 1992 menjabat sebagai Kepala Bagian Umum Kantor Wilayah DJP Manado pada tahun 1996 ia dilantik sebagai Kepala Subdirektorat Pemeriksaan dan Penyidikan Pajak Kantor Pusat Ditjen Pajak.<ref>{{Cite web |url=http://www.bpk.go.id/page/executive_board/1 |title=Salinan arsip |access-date=2014-04-22 |archive-date=2014-04-25 |archive-url=https://web.archive.org/web/20140425071703/http://www.bpk.go.id/page/executive_board/1 |dead-url=yes }}</ref>
Hingga pada akhirnya ia diangkat menjadi Direktur Penyidikan Pajak Kantor Pusat Ditjen Pajak pada tahun 2000 dan mencapai puncak kariernya di Kementerian Keuangan sebagai [[Direktorat Jenderal Pajak Kementerian Keuangan Indonesia#Daftar Direktur Jenderal Pajak|Dirjen Pajak]] periode 2001–2006. Lepas dari jabatan Dirjen Pajak pada 2006, Hadi sempat menjadi Kepala Bidang Ekonomi Dewan Analisis Strategis di [[Badan Intelijen Negara]] (BIN) sebelum akhirnya dilantik sebagai [[Ketua BPK]]. Hadi dilantik menjadi Ketua BPK pada 26 Oktober 2009 menggantikan [[Anwar Nasution]].<ref name=Kado />