Seorang remaja yang dibesarkan sebagai seorang anak yatim saat kecil kembali ke kota zaman silamnya. Segera setelah pindah sekolah ke Sekolah Menengah Gekkoukan, dia diserang oleh beberapa ''Shadows'' -, makhluk yang hidup dengan memakan pikiran korban mereka. Serangan tersebut membangkitkan Persona di dalam dirinya, Orpheus, yang merupakan satu-satunya kesempatan yang dimiliki untuk mengalahkan makhluk hitam itu. Dia kemudian menemukan bahwa dia berbagi kekuasaan istimewa ini dengan murid-murid lain di sekolah barunya. Melalui merekalah dia mengetahui tentang keberadaan {{nihongo foot|Dark Hour|影時間|kage jikan, lit. "Shadow Hour"|group=lower-alpha}} (Waktu Gelap), sebuah dimensi dunia yang ada di antara satu-satu hari dan hari kemudian, dihuni penuh oleh makhluk Shadows. Dia bergabung kelompok'' Specialized Extracurricular Execution Squad'' (SEES) maupun Tim Pelaksana Khusus Aktivitas Tambahan, dan bersama rekan-rekannya, mulai melawan ancaman Shadows.
Setelah menandatangani kontrak di mana dia "menerima takdirnya pada pilihannya sendiri," Gaya Utama'' Persona 3'' mulai menentang Greater Shadows, jelmaan kembali sifat-sifat dan bentuk yang serupa dengan ''Arcana Mayor'' dua belas pertama di dalam permainan pakau. Saat ini terjadi, dia tidak putus-putus bertemu dan akhirnya bersahabat dengan seorang anak lelaki yang memberinya kontrak tersebut pada awal kisah judul ini, yang merupakan satu entitas yang menggelari dirinya sebagai Pharos, maupun identitas sebenarnya adalah Death, yaitu Arcana yang ketiga belas.
