Tidak ada yang mengetahui secara pasti mengenai kapan HabibSayyid Muda Seunagan lahir. Walaupun ada beberapa penulis yang memperkirakan beliau lahir pada tahun 1860 tapi penjelasan mengenai alasan pemilihan tahun tersebut tidak pernah disebutkan. Bahkan keluarga juga tidak mengetahui tahun pasti kelahirannya. Lokasi kelahirannya adalah di Desa Krueng Kulu, Kemukiman Blang Ara, Kecamatan Seunagan Timur. Nama lengkap dan nasab keturunannya adalah Al-HabibSayyid Muhammad Muhyiddin (HabibSayyid Muda Seunagan) bin Al-Habib [[As-Sayyid Muhammad Yasin]] bin Qutbul Wujud Al-HabibSayyid Abdurrahim bin As-Sayyid Abdul Qadir Al-Qadiri bin bin As-Sayyid Athaf bin As-Sayyid Abdussalam bin As-Sayyid Ali Al-Qadiri Al-Kailani Al-Jailani Al-Hasani. Nasab beliau tersambung ke [[Syaikh Abdul Qadir Al-Jailani|Syaikh Abdul Qadir Al-Jailani]] bin Musa bin Abdullah bin Yahya bin Muhammad bin Daud bin Musa bin Abdullah bin [[Musa Al-Jun]] bin Abdullah Al-Mahdi bin [[Hasan Al-Mutsanna]] bin [[Hasan bin Ali]] - [[Fatimah Az-Zahra]] binti Sayidina Mustafa [[Muhammad]] SAW.<ref name=":1" />
Masyarakat di [[Kabupaten Nagan Raya|Nagan Raya]] meyakini ketika HabibSayyid Muda Seunagan meninggal, ia berumur seratus tahun. Jika perkiraan ini benar maka berarti beliau lahir sekitar tahun 1870-an atau tiga tahun sebelum Belanda memulai agresinya ke Aceh. Salah satu penulis Belanda, Zentgraaff, mengatakan pada tahun 1917 meletus perang antara pasukan Belanda dengan pejuang di Aceh Barat yang dipimpin oleh Teungku Puteh yang tak lain adalah Habib Muda Seunagan.<ref name=":1">{{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/953413631|title=Abu Habib Muda Seunagan, republiken dari Aceh : hidup, ajaran, dan perjuangan|last=1979-|first=Shadiqin, Sehat Ihsan,|last2=Ardiansyah,|last3=Fakhrurradzie,|first3=Gade,|isbn=9786021632505|edition=Cetakan pertama|location=Banda Aceh|oclc=953413631}}</ref>
