Ketika pada tahun 1953 diproklamasikan berdirinya [[Negara Islam Indonesia|Darul Islam]] oleh [[Daud Beureu'eh|Teungku Daud Beureueh]], HabibSayyid Muda Seunagan bersama dengan [[Abuya Muda WalyWali]] dan [[Teungku Hasan Krueng Kale]]e mengeluarkan pernyataan tidak setuju dengan gerakan tersebut. Pernyataan tersebut dilandasi pada hukum Islam yang memandang pemberontakan kepada pemerintah yang sah adalah haram. Apalagi [[Daud Beureu'eh|Teungku Daud Beureueh]] pernah menerima keberadaan Indonesia dan pernah bekerja untuk pemerintah Indonesia.
Bersama dengan masyarakat Peuleukung dan sekitarnya, HabibSayyid Muda Seunagan kemudian membentuk Organisasi Pagar Desa (OPD) untuk menghadapi pasukan DI/TII yang mengganggu rakyat. Organisasi ini dipimpin oleh Ceh Nanggroe, salah seorang murid HabibSayyid Seunagan.
Untuk mengatasi DI/TII, pemerintah mengirimkan tentara untuk menumpas mereka. Masalah baru kemudian muncul karena tentara tidak mengenal pengikut DI/TII sehingga banyak masyarakat menjadi korban. Untuk mengatasi hal tersebut maka HabibSayyid Muda Seunagan mengeluarkan sebuah Kartu Identitas yang menyatakan bahwa nama yang tertera pada kartu tersebut adalah murid HabibSayyid Muda Seunagan dan tidak terlibat dalam DI/TII. Karena jasa-jasanya tersebut maka pada tahun 1958 HabibSayyid Muda Seunagan diundang ke [[Istana Negara]] oleh [[Soekarno|Presiden Sukarno]] serta dibiayai untuk berkunjung ke beberapa tempat seperti Mesjid Demak dan kemudian diberikan sebuah mobil [[Land Rover]] untuk transportasi di Peuleukung.<ref name=":0" />
