Pada [[27 November]] [[2020]] sekitar pukul 13.00, kereta api Gaya Baru Malam Selatan menabrak Dump Truk di perlintasan kereta api tanpa palang pintu Dusun Bodeh, [[Kayen, Bandarkedungmulyo, Jombang]]. Dugaan sementara dump truk mendengarkan musik, teman di belakang berteriak dan tak mau mendengarkan. Kejadian ini mengakibatkan sopir dan kernet truk tewas.<ref>[https://jurnaljatim.com/2020/11/bunyikan-musik-truk-tertabrak-kereta-api-di-jombang-2-orang-tewas/%3famp jurnaljatim: Bunyikan Musik, Truk Tertabrak Kereta Api di Jombang, 2 Orang Tewas]{{Pranala mati|date=April 2022 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref>
* Pada tanggal 14 Januari 2024: kereta api Gaya Baru Malam Selatan tertemper mobil di perlintasan sebidang pada jalur rel km 150+3 petak antara Stasiun {{sta|Srowot}}–{{sta|Brambanan}}, [[Prambanan, Klaten|Prambanan]], [[Kabupaten Klaten|Klaten]], [[Jawa Tengah]]. Imbas dari kejadian tersebut, lalu lintas kereta api jalur selatan dan tengah koridor Yogyakarta–Surakarta sempat tersendat dimana lokomotif tersebut mengalami kerusakan saat kereta api berhenti luar biasa di Stasiun Brambanan.<ref>{{cite news|url=https://yogyakarta.kompas.com/read/2024/01/14/200318478/kecelakaan-ka-gaya-baru-malam-selatan-vs-mobil-di-klaten-sejumlah-kereta|title=Kecelakaan KA Gaya Baru Malam Selatan Vs Mobil di Klaten, Sejumlah Kereta Alami Keterlambatan|last=Pangaribowo|first=Wisang|work=Kompas.com|location=[[Kota Yogyakarta|Yogyakarta]]|publisher=[[KG Media]]|date=14 Januari 2024}}</ref>
