Lilipaly mewakili [[Tim nasional sepak bola nasional Belanda|Belanda]] di tingkat pemuda, dari usia di bawah 15 tahun hingga di bawah 18 tahun.<ref name="Goal profile"/> Dia memenuhi syarat untuk mewakili Belanda atau [[Tim nasional sepak bola Indonesia|Indonesia]] di tingkat internasional penuh melalui orang tuanya; ibunya orang Belanda dan ayahnya orang Indonesia.<ref name="Goal profile"/> Lilipaly mengambil sumpah kewarganegaraan Indonesia pada Oktober 2011,<ref>{{cite news|title=TelkomVision Tayangkan Penampilan Stefano Lilipaly|url=http://www.tribunnews.com/2011/09/18/telkomvision-tayangkan-penampilan-stefano-lilipaly|accessdate=10 Oktober 2011|newspaper=Tribun News|date=18 September 2011|language=Indonesia}}</ref> untuk membuatnya secara resmi tersedia untuk diseleksi.<ref>{{cite web|title=Indonesia ready to import six stars|url=http://www.espnstar.com/football/asian-football/news/detail/item674909/Indonesia-ready-to-import-six-stars/|publisher=ESPN Star Sports|access-date=10 Oktober 2011|date=17 September 2011|url-status=dead|archive-url=https://archive.today/20130102111906/http://www.espnstar.com/football/asian-football/news/detail/item674909/Indonesia-ready-to-import-six-stars/|archive-date=2 Januari 2013}}</ref><ref>{{cite news|title=Greg: Saya Akan Beri Yang Terbaik Bagi Timnas Indonesia|url=http://www.tribunnews.com/2011/10/10/greg-saya-akan-beri-yang-terbaik-bagi-timnas-indonesia|accessdate=10 Oktober 2011|newspaper=Tribun News|date=10 Oktober 2011|language=Indonesia}}</ref><ref>{{cite web|title=Lilipaly wordt Indonesisch international|url=http://www.rtvutrecht.nl/sport/393498|publisher=RTV Utrecht|accessdate=10 Oktober 2011|language=Belanda|date=8 Oktober 2011}}</ref> Dia melakukan debut internasional penuhnya pada Agustus 2013 dalam kemenangan 2-0 melawan [[Tim nasional sepak bola Filipina|Filipina]], ketika dia membuat assist untuk [[Greg Nwokolo]].<ref>{{cite web|last=Moore|first=Roy|title=Azkals still can't solve Indonesia problem, fall 2–0|url=http://www.gmanetwork.com/news/story/322032/sports/football/azkals-still-can-t-solve-indonesia-problem-fall-2-0|publisher=GMA News|accessdate=16 Agustus 2013|date=14 Agustus 2013}}</ref><ref>{{cite news|last=Almo|first=Alder|title=Youthful Azkals bow to Indons, 2–0, in friendly|url=http://www.philstar.com/sports/2013/08/15/1094011/youthful-azkals-bow-indons-2-0-friendly|accessdate=16 Agustus 2013|newspaper=The Philippine Star|date=15 Agustus 2013}}</ref>
Lilipaly mencetak gol internasional pertamanya untuk Indonesia dalam pertandingan melawan Singapura di [[Kejuaraan AFF 2016]], yang merupakan gol telat dan menentukan yang membuat Indonesia lolos ke semifinal bersama [[Tim nasional sepak bola Thailand|Thailand]]. Lilipaly juga mencetak gol ke gawang Vietnam di leg kedua semifinal yang mengantarkan Indonesia ke final. Dia juga dipanggil untuk [[Kejuaraan AFF 2018]].
