Wali Kota menjadi pemimpin tertingginama_walikotatertinggi di lingkungan pemerintahan Kota Kupang. Wali Kota Kupang bertanggungjawab atas wilayah Kota Kupang kepada [[gubernur]] provinsi [[Nusa Tenggara Timur]]. Saat ini, posisi [[wali kota]] atau kepala daerah di Kota Kupang diisi oleh seorang Penjabat yang ditunjuk oleh Gubernur NTT, yakni George M. Hadjoh, Ia merupakan seorang birokrat di lingkungan pemerintahan Provinsi NTT. Penunjukkan ini sehubungan dengan berakhirnya masa jabatan wali kota dan wakil wali kota sebelumnya, sementara pemilihan kepala daerah baru akan dilaksanakan serentak pada tahun 2024. Geroge dilantik oleh gubernur [[Nusa Tenggara Timur]], [[Viktor Laiskodat]], pada 22 Agustus 2022 di aula El Tari Kupang.<ref name="WALI">{{Cite news|last=Rambu|first=Beverly|date=28 Agustus 2022|editor-last=|editor-first=|title=Kisah George Hadjoh; Dulu Honorer, Sekarang jadi Penjabat Wali Kota Kupang|url=https://www.victorynews.id/kupang/pr-3314287074/kisah-george-hadjoh-dulu-honorer-sekarang-jadi-penjabat-wali-kota-kupang|work=VictoryNews|language=id|accessdate=18 Februari 2023|archive-date=2023-02-18|archive-url=https://web.archive.org/web/20230218072754/https://www.victorynews.id/kupang/pr-3314287074/kisah-george-hadjoh-dulu-honorer-sekarang-jadi-penjabat-wali-kota-kupang|dead-url=no}}</ref>
