Setelah lulus kuliah, Khan sempat terlibat dalam beberapa produksi film pendek dan teater. Namun, ia sempat tidak mendapat pekerjaan sebagai aktor selama tiga bulan. Khan pun memutuskan untuk mencari pekerjaan lain. Ia sempat mendaftar untuk menjadi sopir [[Gojek]]. Namun, ia ditolak karena permasalahan wilayah. Akhirnya, ia memutuskan untuk bekerja di sebuah [[rumah tinggal]] di [[Yogyakarta]]. Saat itu, ia memikirkan mengenai ilmu keaktorannya yang tetap bermanfaat untuk kehidupan sehari-hari, sekalipun ia tak bekerja sebagai aktor.<ref name=":0">{{cite video|people=|year=|date=|title=Dapat Balasan dari Shah Rukh Khan, Aktor Terbaik FFI Ini Nangis 2 Jam di Kamar {{!}} Kepo|format=|medium=[[YouTube]]|publisher=[[Medcom.id|Medcom]]|location=|accessdate=29 Maret 2021|quote=|url=https://www.youtube.com/watch?v=eJg-oeDlC3k}}</ref>
Khan pernah mengikuti pemilihan pemeran untuk film ''[[Mata Tertutup]]'' (20112012) karya [[Garin Nugroho]]. Namun, ia tidak berhasil lolos. Ketika mendapat kabar bahwa Garin akan kembali membuat film, ia tertarik untuk kembali mengikuti pemilihan pemeran. Khan pun lolos untuk memerankan Juno remaja dalam film ''[[Kucumbu Tubuh Indahku]]'' (2019).<ref name=":Awal karier" /> Aktingnya dalam film tersebut berhasil mengantarkannya ke berbagai penghargaan. Ia berhasil mendapatkan [[Piala Citra]] untuk kategori [[Pemeran Utama Pria Terbaik Festival Film Indonesia|Pemeran Utama Pria Terbaik]] dalam [[Festival Film Indonesia]] [[Festival Film Indonesia 2019|pada tahun 2019]].<ref>{{Cite news|last=Aditia|first=Andika|date=8 Desember 2019|editor-last=Aziza|editor-first=Kurnia Sari|title=Pertama Kali Masuk Nominasi, Muhammad Khan Sabet Pemeran Utama Pria Terbaik FFI 2019|url=https://www.kompas.com/hype/read/2019/12/08/213338666/pertama-kali-masuk-nominasi-muhammad-khan-sabet-pemeran-utama-pria-terbaik|work=[[Kompas.com]]|language=id|access-date=29 Maret 2021}}</ref> Dalam sambutan kemenangannya di acara tersebut, ia mendedikasikan pialanya untuk [[Shah Rukh Khan]].<ref>{{Cite news|last=Yuniar|first=Nanien|date=8 Desember 2021|editor-last=Nurcahyani|editor-first=Ida|title=Muhammad Khan dedikasikan Piala Citra Aktor Terbaik buat Shahrukh Khan|url=https://www.antaranews.com/berita/1199636/muhammad-khan-dedikasikan-piala-citra-aktor-terbaik-buat-shahrukh-khan|work=[[Lembaga Kantor Berita Nasional Antara|ANTARA News]]|access-date=29 Maret 2021}}</ref> Sambutan tersebut mendapat tanggapan langsung dari [[Shah Rukh Khan]] dengan mengucapkan selamat.<ref>{{Cite news|date=9 Desember 2012|title=Shah Rukh Khan Beri Selamat ke Muhammad Khan soal FFI 2019|url=https://www.cnnindonesia.com/hiburan/20191209205739-234-455514/shah-rukh-khan-beri-selamat-ke-muhammad-khan-soal-ffi-2019|work=[[CNN Indonesia]]|language=id-ID|access-date=29 Maret 2021}}</ref> Khan juga memenangkan [[Piala Maya 2019]] dan [[Indonesian Movie Actors Awards]] [[Indonesian Movie Actors Awards 2020|pada tahun 2020]] untuk kategori Pemeran Pendatang Baru.<ref name=":IMAA 2020" /><ref>{{Cite tweet|number=1226359465005289474|user=pialamaya|title=Selamat untuk Muhammad Khan dalam film KUCUMBU TUBUH INDAHKU sebagai Aktor Pendatang Baru terpilih Piala Maya 2019.|language=id|link=|date=9 Februari 2020|access-date=29 Maret 2021|author-link=Piala Maya}}</ref>
